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J-GLOBAL ID：201702249059923181   整理番号：17A0991713

経時変化メタゲノムシーケンシングデータの差分豊度分析に対する情報科学的アプローチ

An informative approach on differential abundance analysis for time-course metagenomic sequencing data

著者 (3件)： LUO Dan (Univ. Arizona, AZ, USA) ,  ZIEBELL Sara (Univ. Arizona, AZ, USA) ,  AN Lingling (Univ. Arizona, AZ, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 9  ページ： 1286-1292  発行年： 2017年05月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 時系列を越えて異なる生物学的状態や医学的状態を比較することによってメタゲノム試料から差分的に豊富な特徴を検出するため,不均一誤差を仮定した新規のスプラインベースの統計法,metaDprofを提案した。この方法は,(1)特徴に関するグローバル検出,(2)顕著な特徴の時間間隔検出の2ステージを含み,その検出手順は堅実な統計的支援に基づいている。metaDprofは,包括的なシミュレーション研究においてサンプルの生物学的条件や病状に関連する差分的に豊富な特徴を有意に検出し,重要な時間間隔を正確に同定するための高い能力が実証された。これらは,既存の方法と比較しても最高の性能を示していた。この方法を実際のマウス腸内微生物群ゲノムのメタゲノムデータセットに適用した場合,マウスの腸内の微生物叢と飼料タイプの間の関係を理解する上で興味深い視点を提供した。

シソーラス用語： 遺伝学 ,  *遺伝学実験技術 ,  データ ,  *経時変化 ,  *豊度 ,  スプライン ,  シミュレーション ,  情報科学 ,  生物学 ,  間隔 ,  むら ,  誤差 ,  統計的推定 ,  ミクロフローラ ,  マウス
準シソーラス用語： *シークエンシング ,  シミュレーション研究 ,  バイオインフォマティクス ,  *メタゲノミクス ,  *差分 ,  時間間隔 ,  腸内細菌叢 ,  統計的推論 ,  微生物群落 ,  不均一

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 経時変化 ,  差分 ,  豊度 ,  分析 ,  情報科学