疾患関連バリアントは転写因子の量とその結合部位のメチル化を変化させる

BONDER Marc Jan; ZHERNAKOVA Daria V; DEELEN Patrick; VAN DIJK Freerk; JONKERS Iris; ZHERNAKOVA Alexandra; TIGCHELAAR Ettje F; SWERTZ Morris A; LI Yang; WIJMENGA Cisca; FRANKE Lude; LUIJK Rene; MOED Matthijs; VAN ITERSON Maarten; SLIEKER Roderick C; SUCHIMAN H Eka D; VAN DER BREGGEN Ruud; LAKENBERG Nico; BEEKMAN Marian; DEELEN Joris; SLAGBOOM P Eline; HEIJMANS Bastiaan T; VAN GALEN Michiel; VERBIEST Michael; VERMAAT Martijn; C ’T HOEN Peter A; BOT Jan; NOOREN Irene; JHAMAI P Mila; VERKERK Marijn; VAN ROOIJ Jeroen; UITTERLINDEN Andre G; VAN MEURS Joyce B J; ARINDRARTO Wibowo; VAN ZWET Erik W; KIELBASA Szymon M; VAN ’T HOF Peter; MEI Hailiang; VAN HEEMST Diana; HOFMAN Albert; POOL Rene; VAN DONGEN Jenny; HOTTENGA Jouke J; BOOMSMA Dorret I; STEHOUWER Coen D A; VAN DER KALLEN Carla J H; SCHALKWIJK Casper G; VAN GREEVENBROEK Marleen M J; ISAACS Aaron; VAN DEN BERG Leonard H; VELDINK Jan H; LEMIRE Mathieu; HUDSON Thomas J; HUDSON Thomas J; VAN DUIJN Cornelia M; ISAACS Aaron; JANSEN Rick

文献

J-GLOBAL ID：201702249077847953 整理番号：17A0051466

疾患関連バリアントは転写因子の量とその結合部位のメチル化を変化させる

Disease variants alter transcription factor levels and methylation of their binding sites

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資料名：
巻： 49 号： 1 ページ： 131-138 発行年： 2017年01月
JST資料番号： W0430A ISSN： 1061-4036 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

疾患に関連する遺伝学的バリアントのほとんどは非コード配列であるため,それが機能に及ぼす作用を理解するための実験を設計するのが難しい。発現量的形質座位(eQTL)を同定することは,疾患関連バリアントの下流への影響を推定する強力な手法であるが,これらのバリアントの大部分は説明されていない。一方で,エピゲノムの重要な構成要素であるDNAメチル化の解析から,調節性の可能性があるゲノム領域について,非常によく補完するデータが得られている。今回我々は,疾患関連バリアントは,トランスにDNAメチル化に広範な影響を及ぼすこと,またこれはシス調節性転写因子のトランス結合部位の占有の差を反映すると考えられることを示す。3841人のオランダ人についてのマルチオミックスデータセットを用いて,確立された形質に関連する1907のSNPが,1万0141種類のCpG部位のメチル化レベルにトランスに影響を及ぼすことを明らかにした〔偽陽性率(FDR)<0.05〕。これらには,近傍の転写因子(NFKB1,CTCF,NKX2-3など)の発現と,それぞれの転写因子のゲノム全体にわたる結合部位のメチル化の両方に影響を及ぼすSNPが含まれている。トランスにメチル化を受けるQTLは,疾患関連バリアントの下流の影響を効率的に明らかにできる。Copyright Nature Japan KK 2017

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先天性疾患・奇形一般 , 遺伝子発現

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