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J-GLOBAL ID：201702250325102588   整理番号：17A1378679

熱力学的パラメータ摂動の下でのRNA Boltzmannサンプリングの調整とロバスト性【Powered by NICT】

Conditioning and Robustness of RNA Boltzmann Sampling under Thermodynamic Parameter Perturbations

著者 (3件)： Rogers Emily (School of Computational Science and Engineering, Georgia Institute of Technology, Atlanta, Georgia) ,  Murrugarra David (Department of Mathematics, University of Kentucky, Lexington, Kentucky) ,  Heitsch Christine (School of Mathematics, Georgia Institute of Technology, Atlanta, Georgia)
資料名： Biophysical Journal  (Biophysical Journal)
巻： 113  号： 2  ページ： 321-329  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0298A  ISSN： 0006-3495  CODEN： BIOJAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA二次構造予測法は最近接熱力学的モデルにどのように依存するかを理解することは,分野における基本的な課題のままである。最小自由エネルギー(MFE)予測は,熱力学的モデルに小さな変化が有意差のある最適な構造をもたらすことができる「悪条件」であることが知られている。従って,ベストプラクティスであるBoltzmann分布,準最適構造の組を生成するからサンプリングするために現在このBoltzmann試料の構造的信号は確率的雑音に対してロバストであることが知られているが,熱力学的摂動下での調整とロバスト性はまだ取り組まなければならない。ここでは,数値解析によりヒントを得た調整のための数学的に厳密なモデル,熱力学的摂動の下でのロバスト性のための生物学にヒントを得た定義を提示した。調整とロバスト性の間の強い相関を示し,よく対悪い条件付けのための定量的しきい値を定義するためのその密接な関係を用いた。これら得られたしきい値は,配列の大部分は少なくとも試料ロバストであることを示す,これはMFE予想以上にサンプリングの改善された条件付けの仮定を検証した。さらに,調整とMFE精度の間の相関を見出すことができないため,井戸と悪条件両配列の存在は,物理ベースのものを越えた熱力学的モデル精密化と代替RNA構造予測法の両方の継続的な必要性を示している。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *熱力学 ,  熱力学模型 ,  *ロバスト性 ,  数値解析 ,  自由エネルギー ,  *摂動 ,  予測技法 ,  モデル ,  予測 ,  雑音 ,  精密化
準シソーラス用語： ベストプラクティス ,  RNA二次構造 ,  *熱力学パラメータ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 災害・防災一般  (RA02010Q) ,  職務・職能管理一般  (KA04010X)

タイトルに関連する用語 (5件)： 熱力学的パラメータ ,  摂動 ,  RNA ,  サンプリング ,  ロバスト性