文献

J-GLOBAL ID：201702251789180296   整理番号：17A0987340

グリコシルトランスフェラーゼ反応の基礎となるエレクトロニクスを調べるためのSCC DFTB/MM駆動力からのDFT/MM酵素反応軌跡の生成【Powered by NICT】

Producing DFT/MM enzyme reaction trajectories from SCC-DFTB/MM driving forces to probe the underlying electronics of a glycosyltransferase reaction

著者 (2件)： Rogers Ian L. (Scientific Computing Research Unit and Department of Chemistry, University of Cape Town, Rondebosch, 7701, South Africa) ,  Naidoo Kevin J. (Scientific Computing Research Unit and Department of Chemistry, University of Cape Town, Rondebosch, 7701, South Africa)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 38  号： 20  ページ： 1789-1798  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： TcTS,グリコシルトランスフェラーゼのSCC DFTB/MIO/CHARMM自由エネルギー表面はNWChemパッケージへのポート同じCHARMM MM力場を用いたDFT/MM反応軌跡に対してベンチマークした。一般的なB3LYP汎関数,MIOパラメータセットはパラメータ化はTS構造を最適化し,DFT反応動力学を実行するために使用した。使用SCC DFTB/MIO/CHARMM反応表面からの反力をB3LYP/6- 31G/MMとB3LYP/6- 31G(d)/MM反応軌跡を駆動した新しいアプローチ。TS構造は遜色が無いが,最小基底関数系近似成功した6-31G(d)FEARCF反応動力学トラジェクトリーを防止から主に生じる。いずれも少なく,B3LYP/6- 31G/MM計算電子密度の動的発展を反応軌跡に沿ってNBO解析を実施する機会を提供しなかった。,駆動力を生成するために用い半経験的方法の基礎となるポテンシャルエネルギー関数であるab initioポテンシャルに十分に近いときに成功裡にab initio反応軌跡は計算的にアクセス可能なことを示した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *酵素反応 ,  反応速度論 ,  力の場 ,  *グリコシルトランスフェラーゼ ,  *軌跡 ,  密度汎関数法 ,  電子密度 ,  パラメタリゼーション ,  自由エネルギー ,  基底関数系 ,  *駆動力 ,  半経験的方法 ,  最適化
準シソーラス用語： B3LYP法 ,  CHARMM , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 反応自由エネルギー ,  QM/MM酵素モデルの検証 ,  酵素遷移状態 ,  密度汎関数理論

分類 (2件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： グリコシルトランスフェラーゼ ,  基礎 ,  エレクトロニクス ,  SCC ,  駆動力 ,  DFT ,  酵素反応 ,  軌跡