抄録/ポイント:
抄録/ポイント
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分子動力学(MD)シミュレーションは,多くの研究分野における原子と分子の物理的運動を研究するための一般的なツールである。しかし,シミュレーションサイズをスケールアップする場合には,研究者が数週間から数ケ月間は単一のシミュレーションを行うために,極めて時間のかかる応用であると計算要求が増加し続けている。Sunway TaihuLightスーパコンピュータ上での改良されたMD実装は,上記課題を解決するために開発した。新しい実装では,MD応用が広く用いられている既存実装(すなわち,LAMMPS)から拡張した。Sunway TaihuLightは完全にカスタマイズされた統合アプローチと新しいメニーコアプロセッサSW26010を持つ不均一スーパーコンピュータである。Sunway TaihuLightは100PFlops以上のピーク性能を持つ世界最初に進行する。は三段階:SW26010への並列拡張,メモリアクセス最適化,ベクトル化におけるMDシミュレーションの最適化法を提案した。最適化プロセス後,単一計算ノード上で達成された8倍の高速化。卓越した,ほぼ希薄高速化に九万五千まで計算ノード(六百万コア)をスケールした。に加えて,提案した方法はまた,多くの他の分子動力学コード,または類似した応用に適用することができる。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】