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J-GLOBAL ID：201702251969880779   整理番号：17A0758320

遺伝子共発現ネットワークの系統ゲノミクス解析は機能的モジュールの進化を明らかにする【Powered by NICT】

Phylogenomic analysis of gene co-expression networks reveals the evolution of functional modules

著者 (9件)： Ruprecht Colin (Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Am Muehlenberg 1, 14476, Potsdam, Germany) ,  Proost Sebastian (Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Am Muehlenberg 1, 14476, Potsdam, Germany) ,  Hernandez-Coronado Marcela (Instituto Gulbekian De Ciencia, Rua da Quinta Grande 6, 2780-156, Oeiras, Portugal) ,  Ortiz-Ramirez Carlos (Instituto Gulbekian De Ciencia, Rua da Quinta Grande 6, 2780-156, Oeiras, Portugal) ,  Lang Daniel (University of Freiburg, Schaenzlestr. 1, D-79104, Freiburg, Germany) ,  Rensing Stefan A. (University of Marburg, Karl-von-Frisch-Str. 8, D-35043, Marburg, Germany) ,  Becker Jorg D. (Instituto Gulbekian De Ciencia, Rua da Quinta Grande 6, 2780-156, Oeiras, Portugal) ,  Vandepoele Klaas (Department of Plant Systems Biology VIB, Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics Ghent University, Technologiepark 927, B-9052, Gent, Belgium) ,  Mutwil Marek (Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Am Muehlenberg 1, 14476, Potsdam, Germany)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 90  号： 3  ページ： 447-465  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子進化の研究により,ゲノムおよび系統発生情報を相関させる生物の新しい形質の出現であった。これらの形質は,しかし,機能モジュールから成る動的遺伝子ネットワークの結果,ゲノム分析により捕捉されないかもしれない。ここでは,コケPhyscomitrella patensにおいて,被子植物Arabidopsis thalianaとOryza sativa(イネ)におけるモジュールの進化的構成を研究広範囲に大規模ゲノムおよび系統学的データを組み合わせた遺伝子共発現ネットワークを用いて,この方法を確立した。若い遺伝子は,古い遺伝子よりもアノテートされないことを示した。共発現ネットワークへのゲノムデータをマッピングすることにより,著者らは,同じ進化期から遺伝子を接続する傾向があることを見出したが,老齢および若齢遺伝子は切断される傾向がある。解析は植物進化における特定の時間で出現したモジュールを明らかにした。は植物界を通して保存されていることをモジュールの進化的関係を明らかにするために,モジュールレベルでの複製および特殊イベントを明らかにした系統発生情報を追加した。この組み合わせ分析により,コケ植物と被子植物における細胞壁モジュールの独立した重複を明らかにした,陸上植物における細胞壁経路の平行進化を示唆した。植物研究者を可能にするhttp://www.gene2function.deでこれらの分析を実行するためにオンラインツールを提供する。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 被子植物 ,  *遺伝子 ,  分子進化 ,  細胞壁 ,  *ネットワーク ,  Arabidopsis ,  ゲノム ,  Arabidopsis thaliana ,  系統発生
準シソーラス用語： 平行進化 ,  系統学 ,  Physcomitrella patens ,  遺伝子ネットワーク ,  *ゲノミクス ,  *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 比較共発現 ,  ネットワーク進化 ,  phylostratigraphy ,  phylogenetics ,  遺伝子の機能 ,  Arabidopsis thaliana ,  イネ(Oryza sativa) ,  ヒメツリガネゴケ(Physcomitrella patens)

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝子 ,  共発現 ,  系統 ,  ゲノミクス ,  解析 ,  モジュール ,  進化