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J-GLOBAL ID：201702252183437566   整理番号：17A1830470

昆虫の体表面微生物叢を研究するためのDNA抽出法の比較分析:アリのクチクラ細菌を用いた事例研究【Powered by NICT】

Comparative analysis of DNA extraction methods to study the body surface microbiota of insects: A case study with ant cuticular bacteria

著者 (4件)： Birer Caroline (CNRS, UMR8172 EcoFoG, AgroParisTech, Cirad, INRA, Universite des Antilles, Universite de Guyane, Cayenne, France) ,  Tysklind Niklas (INRA, UMR8172 EcoFoG, AgroParisTech, Cirad, CNRS, Universite des Antilles, Universite de Guyane, Kourou, France) ,  Zinger Lucie (CNRS, ENFA, UMR 5174 EDB, Universite Toulouse 3 Paul Sabatier, Toulouse, France) ,  Duplais Christophe (CNRS, UMR8172 EcoFoG, AgroParisTech, Cirad, INRA, Universite des Antilles, Universite de Guyane, Cayenne, France)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 6  ページ： e34-e45  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 16S rRNA遺伝子のハイスループット配列決定は,それらの宿主の生態生理学と挙動における昆虫クチクラに生息する細菌の重要な役割を明らかにする助けかなり。宿主クチクラ微生物叢フィードバックの理解は個々の昆虫クチクラ試料と同様に低い細菌DNA量,分子バイアスと汚染を起こしやすいと作業の困難さにより妨げのままである。ここでは,異なる体サイズと生態学の二新熱帯区のアリ種から回収したクチクラ細菌負荷:Atta cephalotes(15 mm)とPseudomyrmexペネトレータ(5 mm)に関する方法論的ベンチマークを行った。クチクラ微生物相の豊度と組成,および四DNA抽出プロトコールにより産生されるバイアスと汚染の量を評価した。も細菌群集特性はDNA抽出に使用した個人または個々の体の大きさの数により影響されるかを検討した。ほとんどの抽出法は,細菌多様性とA.cephalotes(15 mm)の組成で同様の結果を生じた。対照的に,人為的配列と汚染だけでなく,細菌群集の特性の顕著な違いのより大きな量はP.ペネトレータ(5 mm)の抽出法間で観察された。も大きな(15 mm)及び小(5 mm)A.cephalotes個体は異なる細菌群集を保持していることを見出した。著者らのベンチマークは,単一個々の昆虫のクチクラ微生物叢はブランク対照,適切なデータクリーニング,および個々の体の大きさと昆虫社会内の機能的役割は,実験で考慮されるならば信頼性できることを示唆した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： バイアス ,  信頼性 ,  *ミクロフローラ ,  rRNA ,  *昆虫類 ,  *クチクラ ,  生態学 ,  *細菌 ,  *事例研究 ,  ベンチマーク ,  プロトコル
準シソーラス用語： 細菌群集 ,  ハイスループット ,  16S rRNA遺伝子 ,  *DNA抽出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 16S rRNA ,  細菌群集 ,  クチクラ常在菌叢ゲノム ,  昆虫クチクラ ,  metabarcoding

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  異種生物間相互作用  (EE01050A)

タイトルに関連する用語 (9件)： 昆虫 ,  体表面 ,  微生物叢 ,  研究 ,  DNA抽出 ,  比較分析 ,  アリ ,  クチクラ ,  細菌