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J-GLOBAL ID：201702253092898347   整理番号：17A0989979

広範囲に及ぶ熱帯樹Symphonia globuliferaL.f.におけるゲノムツールの開発:新しい低被覆率ドラフトゲノム,SNPおよびSSRマーカー【Powered by NICT】

Development of genomic tools in a widespread tropical tree, Symphonia globulifera L.f.: a new low-coverage draft genome, SNP and SSR markers

著者 (12件)： Olsson Sanna (Department of Forest Ecology and Genetics, INIA Forest Research Centre (INIA-CIFOR), Carretera de A Coruna km 7.5, E-28040, Madrid, Spain) ,  Seoane-Zonjic Pedro (Departamento de Biologia Molecular y Bioquimica, and Plataforma Andaluza de Bioinformatica, Universidad de Malaga, calle Severo Ochoa 34, E-29590, Campanillas, Malaga, Spain) ,  Bautista Rocio (Departamento de Biologia Molecular y Bioquimica, and Plataforma Andaluza de Bioinformatica, Universidad de Malaga, calle Severo Ochoa 34, E-29590, Campanillas, Malaga, Spain) ,  Claros M. Gonzalo (Departamento de Biologia Molecular y Bioquimica, and Plataforma Andaluza de Bioinformatica, Universidad de Malaga, calle Severo Ochoa 34, E-29590, Campanillas, Malaga, Spain) ,  Gonzalez-Martinez Santiago C. (Department of Forest Ecology and Genetics, INIA Forest Research Centre (INIA-CIFOR), Carretera de A Coruna km 7.5, E-28040, Madrid, Spain) ,  Gonzalez-Martinez Santiago C. (UMR1202 BioGeCo, INRA, Univ. Bordeaux, 69 route d’Arcachon, F-33610, Cestas, France) ,  Scotti Ivan (INRA, UR629 URFM, Ecologie des Forets Mediterraneennes, Site Agroparc, Domaine Saint Paul, F-84914, Avignon Cedex 9, France) ,  Scotti-Saintagne Caroline (INRA, UR629 URFM, Ecologie des Forets Mediterraneennes, Site Agroparc, Domaine Saint Paul, F-84914, Avignon Cedex 9, France) ,  Hardy Olivier J. (Faculte des Sciences, Evolutionary Biology and Ecology, Universite Libre de Bruxelles, Av. F.D. Roosevelt 50, CP 160/12, B-1050, Brussels, Belgium) ,  Heuertz Myriam (Department of Forest Ecology and Genetics, INIA Forest Research Centre (INIA-CIFOR), Carretera de A Coruna km 7.5, E-28040, Madrid, Spain) ,  Heuertz Myriam (UMR1202 BioGeCo, INRA, Univ. Bordeaux, 69 route d’Arcachon, F-33610, Cestas, France) ,  Heuertz Myriam (Faculte des Sciences, Evolutionary Biology and Ecology, Universite Libre de Bruxelles, Av. F.D. Roosevelt 50, CP 160/12, B-1050, Brussels, Belgium)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 4  ページ： 614-630  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 熱帯植物の集団遺伝学的研究は,サンプリングにおける分類学,系統学的関係と分布範囲,少ないゲノム情報およびロジスティック課題に関する限られた情報のためにしばしば困難である。Symphonia globulifera古代熱帯樹種におけるゲノム資源の中程度の開発に基づくロバストで広く適用可能な遺伝的マーカーを開発する戦略を記述するL.f.(オトギリソウ科),アフリカと新熱帯区雨林のキーストーン種。カメルーンからの個々の配列決定された最初の低被覆率(11x)断片化されたゲノムを提供し,推定ゲノムサイズの1.027Gbpまたは67.5%をカバーしている。565足場(7.57Mbp)のアノテーションは1046推定遺伝子(完全なオープンリーディングフレームを含む231)と1523の正確な単純反復配列(SSR(単純配列反復),マイクロサテライト)の予測をもたらした。本ドラフトゲノムに対するフランス領ギアナ集団の公表されたトランスクリプトームの整列923個の高品質単一ヌクレオチド多型を生成した。も広範囲の地理的範囲にわたって保存されており,多形であることをin silico遺伝子SSRsを選択,稀なDNA試料のマーカー開発試験を減少させた。試験した23のSSRのうち,19の増幅と18は南米(ブラジルとフランス領ギアナ)とアフリカ(カメルーンとSao Tome島,F_ST=0.34)から四S.globulifera個体群における遺伝子型を決定することに成功した。ほとんどの遺伝子座はHardy-Weinberg比率から集団特異的のみ偏差を示し,地域個体群効果(例えばヌル対立遺伝子)を示した。記述したゲノム資源はSymphoniaにおける進化的研究のための,植物における比較研究のために有用である。法は,限られたDNA利用性と広範な熱帯または絶滅危惧分類群のための特に興味深い。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 熱帯植物 ,  地理学 ,  ブラジル連邦共和国 ,  カメルーン共和国 ,  *ゲノム ,  生物絶滅 ,  *熱帯 ,  個体群 ,  *被覆率 ,  一塩基多型 ,  ロバスト性 ,  DNA【核酸】 ,  フランス領ギアナ ,  遺伝子型 ,  トランスクリプトーム

著者キーワード (5件)： オトギリソウ科 ,  ゲノム案 ,  マイクロサテライト ,  一塩基多型 ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  野菜  (FC03043X)

タイトルに関連する用語 (8件)： 熱帯樹 ,  ゲノム ,  ツール ,  開発 ,  被覆率 ,  ドラフト ,  SNP ,  SSRマーカー