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J-GLOBAL ID：201702253658489780   整理番号：17A0598661

タンパク質に結合したリガンドの立体配座の高品質なデータセットとのコンフォーマーアンサンブルジェネレーターのベンチマークへの応用

High-Quality Dataset of Protein-Bound Ligand Conformations and Its Application to Benchmarking Conformer Ensemble Generators

著者 (7件)： FRIEDRICH Nils-Ole (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  MEYDER Agnes (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  DE BRUYN KOPS Christina (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  SOMMER Kai (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  FLACHSENBERG Florian (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  RAREY Matthias (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU) ,  KIRCHMAIR Johannes (Univ. Hamburg, Hamburg, DEU)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 3  ページ： 529-539  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： X線構造データからタンパク質に結合したリガンドの高品質な立体配座を自動的に選択し,抽出するためのケモインフォマティクスパイプラインを開発した。本パイプラインを用いて,電子密度への適合や物理化学的および構造的特性を含む多様な基準に従って低分子の三次元構造の有効性と正確さを評価した。本法を用いて,Protein Data Bank(PDB)からの2つの高品質なデータセット,すなわち,それぞれ4626および2912種類の構造の包括的データセットおよび多様なサブセットをまとめた。本データセットを,BalloonやRDKitを含む7種類の自由に入手可能なコンフォーマーアンサンブルジェネレーターのベンチマークに適用した,個々のアルゴリズムの性能には大きな違いが認められ,全体としてRDKitおよびETKDGでは,正確さ,アンサンブルサイズおよびランタイムにおいて良好なバランスが認められた。Platinumデータセットはウェブサイトからダウンロード可能である。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  分子 ,  *立体配座 ,  集合 ,  ベンチマーク ,  情報処理 ,  *パイプライン処理 ,  データベース ,  アルゴリズム ,  結晶構造
準シソーラス用語： X線構造 ,  *ケモインフォマティクス ,  ソフトウェアパイプライン ,  データセット ,  *リガンド ,  三次元構造 ,  蛋白質データベース

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： タンパク質 ,  リガンド ,  立体配座 ,  高品質 ,  データセット ,  ベンチマーク ,  応用