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J-GLOBAL ID：201702253754071986   整理番号：17A0991733

Primerize-2D:RNA多次元化学マッピングのための自動プライマー設計

Primerize-2D: automated primer design for RNA multidimensional chemical mapping

著者 (2件)： TIAN Siqi (Stanford Univ., CA, USA) ,  DAS Rhiju (Stanford Univ., CA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 9  ページ： 1405-1406  発行年： 2017年05月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種々の目的でRNA分子の合成が必要とされている,特に包括的な単一変異体ライブラリーや標的化された複数の変異体ライブラリーの迅速なRNA合成が,RNA構造を解決するための新しいアプローチを可能とする。DNA鋳型のPCRアッセンブリとin vitro転写により,コスト効率の良い方法で何百ものRNA変異体の合成と精製が可能となり,費用の大幅な削減を可能にする構築物間でのプライマーの共有が可能になる。しかしこれらのプロトコルは,多数の96ウェルプレートにわたるプライマー位置の整理と,情報学および視覚化ツールが費用のかかるエラーを防ぐことができる,重要でない作業のための指針を必要とする。著者らは,プライマーの設計と効率的な構成により,所望の突然変異体の大きなライブラリーの合成を加速するためのオンラインツールをここに報告する。基礎となるプログラムおよびグラフィカルインターフェースは,最大300ヌクレオチド長のRNAドメインおよび960までの変異体を含むライブラリーについて,本発明者らの実験室で実験的に試験した。 自由に利用可能なPrimerize-2Dサーバーに加えて,プライマー設計コードは,幅広いアプリケーション用のスタンドアロ-ンPythonパッケージとして利用できる。

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  遺伝子ライブラリー ,  突然変異体 ,  RNA合成 ,  *プライマー【遺伝】 ,  転写【遺伝】 ,  精製 ,  オブジェクト指向言語 ,  梱包 ,  *ソフトウェア
準シソーラス用語： DNAライブラリー ,  *Primerize-2D ,  Python ,  RNAライブラリー ,  パッケージ ,  *プライマー設計 ,  変異体 ,  変異体ライブラリー

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  システムプログラミング一般  (JD03010Y) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA ,  多次元 ,  化学 ,  マッピング ,  プライマー設計