文献

J-GLOBAL ID：201702254182914611   整理番号：17A1022834

デングウイルスエンベロープ蛋白質に結合する新規ペプチドの立体配座とエネルギー評価【Powered by NICT】

Conformational and energy evaluations of novel peptides binding to dengue virus envelope protein

著者 (18件)： Amir-Hassan Asfarina (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Amir-Hassan Asfarina (Department of Pharmacy, Faculty of Medicine, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Lee Vannajan Sanghiran (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Lee Vannajan Sanghiran (Department of Chemistry, Faculty of Science, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Baharuddin Aida (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Baharuddin Aida (Department of Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Othman Shatrah (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Othman Shatrah (Department of Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Xu Yongtao (School of Chemistry and Chemical Engineering, Queen’s University Belfast, Northern Ireland, United Kingdom) ,  Xu Yongtao (School of Biomedical Engineering, Xinxiang Medical University, Xinxiang, Henan 453003, China) ,  Huang Meilan (School of Chemistry and Chemical Engineering, Queen’s University Belfast, Northern Ireland, United Kingdom) ,  Yusof Rohana (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Yusof Rohana (Department of Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Rahman Noorsaadah Abd. (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Rahman Noorsaadah Abd. (Department of Chemistry, Faculty of Science, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Othman Rozana (Drug Design & Development Research Group, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Othman Rozana (Department of Pharmacy, Faculty of Medicine, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia) ,  Othman Rozana (Centre for Natural Product Research and Drug Discovery, University of Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 74  ページ： 273-287  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 標的細胞へのデングウイルス(DENV)侵入を遮断することによりデングエンベロープ(E)蛋白質のドメインIIIを目標とした効果的な新しいペプチド阻害剤を同定した。E-蛋白質に対するこれらペプチドの結合親和性はドッキングの組合せと明示的溶媒分子動力学(MD)シミュレーション法を用いて評価した。これら錯体の相互作用は分子内力学Poisson-Boltzmann表面積(MMPBSA)及び分子力学一般化Born表面積(MMGBSA)法を用いて研究した。E蛋白質と相互作用するペプチドの自由エネルギー計算は,van der Waals(vdW)と静電相互作用が錯体を安定化させる主要な駆動力であることを示した。興味あることに,計算した結合自由エネルギーは,実験解離定数(K_d)値と良い一致を示した。著者らの結果はまた,特異的残基は効率的な結合相互作用に重要な役割を果たしている可能性があることを示した。このように,本研究では,ドッキングと分子動力学シミュレーションの組み合わせは宿主細胞へのデングウイルス侵入の潜在的阻害剤としてのペプチドの同定プロセスを加速することができることを実証した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 解離定数 ,  分子内力学 ,  *タンパク質 ,  静電相互作用 ,  *立体配座 ,  計算機シミュレーション ,  表面積 ,  ドッキング ,  自由エネルギー ,  分子動力学 ,  *ペプチド
準シソーラス用語： 阻害剤 ,  分子動力学シミュレーション ,  結合自由エネルギー ,  結合親和性 ,  *デングウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ペプチド ,  分子動力学シミュレーション ,  エンベロープ蛋白質 ,  ドッキング ,  結合の自由エネルギー ,  デング熱

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  ペプチド  (CF10080G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J)

タイトルに関連する用語 (6件)： デングウイルス ,  エンベロープ蛋白質 ,  ペプチド ,  立体配座 ,  エネルギー ,  評価