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J-GLOBAL ID：201702254328936017   整理番号：17A0376414

生物医学ワークフローの反復可能性へのソフトウェア依存性の影響の同定【Powered by NICT】

Identifying impact of software dependencies on replicability of biomedical workflows

著者 (3件)： Miksa Tomasz (SBA Research & Vienna University of Technology, Wien, Austria) ,  Rauber Andreas (SBA Research & Vienna University of Technology, Wien, Austria) ,  Mina Eleni (Leiden University Medical Center, Leiden, The Netherlands)
資料名： Journal of Biomedical Informatics  (Journal of Biomedical Informatics)
巻： 64  ページ： 232-254  発行年： 2016年 
JST資料番号： B0827A  ISSN： 1532-0464  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 複雑なデータ駆動実験は生物医学研究の基礎を形成する。最近の知見は,ソフトウェアを実行した,ことであるインフラストラクチャと第三者依存性は,計算機実験により送達された最終結果に重要な影響を持つことができることを警告する。これは同じ結果を再現するために,同じデータを使用しなければならないでなく,等価ソフトウェアスタックに実行されなければならないことを意味する。本論文では,ワークフローの反復可能性を評価可能にするVFrameworkを提示した。同じワークフローの二実行間のソフトウェア依存性に差異が存在するかどうか,得られた結果に影響を及ぼすかどうかを明らかにした。また,著者らはH untington病の生物医学的研究で用いたTavernaワークフローの反復可能性上のソフトウェア依存性の影響を調べる事例研究を行った。オペレーティングシステム分布と形態の異なる環境におけるワークフロー解析を再実行する。結果はVFrameworkは生物医学ワークフローの反復可能性上のソフトウェア依存性の影響を同定するために使用できることを示した。さらに,ワークフローは,制御された環境で実行されるという事実にもかかわらず,それらはまだ環境に設置した特定ツールに依存することを観測した。VFrameworkにより用いられるコンテキストモデルは堆積物供給源痕跡の欠陥を改善し,そのようなツールをも記述する。我々の発見に基づき,我々は,ワークフローの反復可能性を改善するためにそれらを可能にするワークフロー所有者のための指針を定義した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： オペレーティングシステム ,  インフラストラクチャー ,  *ソフトウェア ,  計算機シミュレーション ,  堆積物供給源 ,  事例研究 ,  *ワークフロー
準シソーラス用語： 所有者 ,  生物医学研究 ,  データ駆動 ,  *生物医学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Reproducibility ,  検証 ,  Validation ,  ワークフロー ,  文脈モデル

分類 (1件)： 医用情報処理  (JE15030Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 生物医学 ,  ワークフロー ,  反復 ,  可能性 ,  ソフトウェア ,  依存性 ,  同定