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J-GLOBAL ID：201702254718082666   整理番号：17A1560141

リボソームRNA遺伝子参照データベースとツールとなる地域の25年【Powered by NICT】

25 years of serving the community with ribosomal RNA gene reference databases and tools

著者 (12件)： Glockner Frank Oliver (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University gGmbH, Bremen, Germany) ,  Glockner Frank Oliver (Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Bremen, Germany) ,  Yilmaz Pelin (Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Bremen, Germany) ,  Quast Christian (Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Bremen, Germany) ,  Gerken Jan (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University gGmbH, Bremen, Germany) ,  Beccati Alan (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University gGmbH, Bremen, Germany) ,  Ciuprina Andreea (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University gGmbH, Bremen, Germany) ,  Bruns Gerrit (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University gGmbH, Bremen, Germany) ,  Yarza Pablo (Ribocon GmbH, D-28359 Bremen, Germany) ,  Peplies Jorg (Ribocon GmbH, D-28359 Bremen, Germany) ,  Westram Ralf (Ribocon GmbH, D-28359 Bremen, Germany) ,  Ludwig Wolfgang (Department for Microbiology, Technical University Munich, D-85354 Freising, Germany)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 261  ページ： 169-176  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： SILVA(lat.森林)は,包括的なウェブ資源であり,今日まで,細菌,古細菌および真核生物ドメインから整列したリボソームRNA遺伝子(rDNA)配列の高品質データセット周辺のサービスを提供する。ミュンヘン工科大学から博士Wolfgang LudwigはSSUおよびLSU rDNAマーカー遺伝子を基幹とした高品質系統発生推論と分類を支援するための統合ソフトウエアワークベンチARB(lat.木)を開始したところSILVAは1991年に遡る。時間では,ARBプロジェクトは,配列参照データセットとデータ解析のためのソフトウエアパッケージを維持した。2005では,DNA配列データの大規模な増加に伴って,ソフトウェアシステムARBと対応するrRNAデータベースSILVAの維持は,ブレーメンのミュンヘンと微生物ゲノミクスとバイオインフォマティクス研究グループに分割した。ARBは新しい特徴を含み,ワークベンチの有用性を改善するために開発し続けている。世界ユーザの千は中心に位置するグラフィカルユーザインタフェイス下での一般的な解析ツールのシームレスな統合を,その汎用性と組み合わせた。最初SILVA放出はEMBL EBI/ENAリリース89に基づく2007年2月に配備した。それ以来,種々のフレーバにおけるデータベースコンテンツを提供する完全SILVA放出は少なくとも毎年発表されている,SILVAウェブデータセットである更新の発生する中間ウェブ放出によって補完した。未耕作(環境)配列のクレードの一貫した命名に特に重きがSILVAはrDNAデータベース世界的プロジェクトであり,正当に記載された栽培代表が利用可能でない。SILVA専用包括的整列16S/18SのrDNAと23S/28S rDNA配列データセットの両方の維持である。SILVAアラインメント,樹木は真核生物,rDNAデータベース間のもう一つのユニークな特徴を含むように設計した。2007におけるヨーロッパリボソームRNAデータベースプロジェクトの終了により,SILVAデータベースは,ヨーロッパの権威rDNAデータベースプロジェクトとなっている。学界と産業界のための生物多様性解析,医療診断,バイオテクノロジーと品質管理からARBとSILVA範囲の応用スペクトル。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 細菌 ,  データ解析 ,  バイオテクノロジー ,  アラインメント ,  プログラムパッケージ ,  *rRNA遺伝子 ,  品質管理 ,  真核生物 ,  ヨーロッパ ,  *データベース ,  系統発生 ,  生物多様性
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  DNA配列 ,  リボソームDNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： リボソームRNA ,  アラインメント ,  分類学 ,  Phylogeny ,  生物多様性 ,  データベース

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： リボソームRNA遺伝子 ,  参照 ,  データベース ,  ツール ,  地域