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J-GLOBAL ID：201702255159693500   整理番号：17A0290213

フォールド型IIIのPLP依存酵素のバイオインフォマティクス解析は多量体ラセマーゼを発見する

Bioinformatic analysis of fold-type III PLP-dependent enzymes discovers multimeric racemases

著者 (13件)： KNIGHT Anders M. (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  KNIGHT Anders M. (California Inst. Technol., CA, USA) ,  NOBILI Alberto (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  NOBILI Alberto (Dana-Farber Cancer Inst., MA, USA) ,  NOBILI Alberto (Harvard Medical School, MA, USA) ,  VAN DEN BERGH Tom (Bio-Prodict, Nijmegen, NLD) ,  GENZ Maika (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  JOOSTEN Henk-Jan (Bio-Prodict, Nijmegen, NLD) ,  ALBRECHT Dirk (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  RIEDEL Katharina (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  PAVLIDIS Ioannis V. (Greifswald Univ., Greifswald, DEU) ,  PAVLIDIS Ioannis V. (Univ. Kassel, Kassel, DEU) ,  BORNSCHEUER Uwe T. (Greifswald Univ., Greifswald, DEU)
資料名： Applied Microbiology and Biotechnology  (Applied Microbiology and Biotechnology)
巻： 101  号： 4  ページ： 1499-1507  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： H0764A  ISSN： 0175-7598  CODEN： EJABDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： デカルボキシラーゼとアラニンラセマーゼから成るフォールド型IIIのPLP依存酵素ファミリーに対する多重構造的整列データベース(3DM)の開発過程で,5666の未知の蛋白質の大きな部分を発見した。5666配列は,4個の蛋白質テンプレートの周辺でクラスター化していた。そこで,3DMアルゴリズムにより生じた5666配列のクラスターを解析した。4個の蛋白質を大腸菌で発現させ,精製し,HPLC法により解析した。その結果,各酵素はアラニンまたはセリンにのみ活性を示した。ミカエリス・メンテン速度論は,3種類の酵素(1CT5,3R79と3CPG)のMichaelis定数K_Mが1mM以下であることを示した。天然のPAGEインゲルアッセイは,ラセマーゼ活性が単量体ではなく,オリゴマー状態でのみ存在することを示した。

シソーラス用語： *情報科学 ,  *生物学 ,  *ラセマーゼ ,  カルボキシリアーゼ ,  構造 ,  生物活性 ,  酵素反応速度論 ,  Michaelis定数 ,  ゲル電気泳動 ,  多量体 ,  アルデヒド ,  窒素複素環化合物 ,  無機酸エステル ,  ジオール
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス解析 ,  アラニンラセマーゼ ,  クラスター構造 ,  蛋白質機能 ,  ミカエリス・メンテン速度論 ,  PAGE【電気泳動】

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K)

物質索引 (1件)： ピリドキサール5′-りん酸

タイトルに関連する用語 (6件)： PLP ,  酵素 ,  バイオインフォマティクス解析 ,  多量体 ,  ラセマーゼ ,  発見