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J-GLOBAL ID：201702255184185182   整理番号：17A0995444

Nascent seqによるCLIP-seqの正規化により検出された6GU(6GU_R)FUS結合モチーフ【Powered by NICT】

Six GU-rich (6GU_R) FUS-binding motifs detected by normalization of CLIP-seq by Nascent-seq

著者 (3件)： Takeda Jun-ichi (Division of Neurogenetics, Center for Neurological Diseases and Cancer, Nagoya University Graduate School of Medicine, 65 Tsurumai, Showa-ku, Nagoya 466-8550, Japan) ,  Masuda Akio (Division of Neurogenetics, Center for Neurological Diseases and Cancer, Nagoya University Graduate School of Medicine, 65 Tsurumai, Showa-ku, Nagoya 466-8550, Japan) ,  Ohno Kinji (Division of Neurogenetics, Center for Neurological Diseases and Cancer, Nagoya University Graduate School of Medicine, 65 Tsurumai, Showa-ku, Nagoya 466-8550, Japan)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 618  ページ： 57-64  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA結合蛋白質(RBP),FUSである変異あるいは神経変性障害において異常に調節されている。FUSは,RNA代謝の多様な側面を調節する。FUS結合部位がGU含量に富み,は高度に変性。GGU,GGUG,GUGGUとCGCGCのFUS結合モチーフは以前に報告されている。これらのモチーフは,FUS結合部位の小部分に適用可能である。CLIP-seqタグは高度に発現している遺伝子に濃縮されているとして,マウスN2a細胞のNascent seqタグまたはRNA-seqタグによるCLIP-seqタグを正常化した。Nascent seqはスプライシングとポリアデニル化のために処理される前に新生転写物を同定した。新生seq正規化CLIP領域,RNA seq正規化CLIP領域,および天然CLIP領域から頻繁に観察された4つのntモチーフを抽出した。特異的GUモチーフは新生seq正規化CLIP領域で検出された最良であった。新生seq正規化CLIP領域を用いた構造モチーフの分析は,ステム構造を形成するGU配列を予測した。感度と特異性は抽出したモチーフが架橋誘導変異部位(CIMS)で存在するかどうか調べることにより計算し,FUSが直接結合した。新生seq正規化CLIP領域から抽出された,六モチーフ(UGUG,CUGG,UGGU,GCUG,GUGG,UUGG)の組合せは,(i)RNA seq正規化CLIP領域から抽出したモチーフ,(ii)天然CLIP領域から抽出したモチーフ,(iii)以前に報告された個々のモチーフ,または(iv)SpliceAid2 15モチーフよりも良好な識別能力を持つことを見出した。大脳のCLIP-seqと全脳を用いた6GU(6GU_R)モチーフの検証は6GU_RモチーフはCIMSにおける特異的に豊富であることを示した。連続領域における6GU_Rモチーフの数は四年までに計数して増殖する面積,6GU_Rスコアとして定義されるを計算した。8以上の6GU_RスコアはCIMS隣接領域からCIMSを最もよく判別。6GU_RモチーフはSpliceAid2で以前に報告された個々のモチーフまたは15モチーフよりも効率的にFUS結合部位を予測することを提案した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ポリアデニル化 ,  遺伝子 ,  *正規化 ,  RNA代謝 ,  RNA結合タンパク質 ,  結合部位 ,  RNA結合 ,  大脳 ,  ステム構造 ,  RNA-seq ,  Neuro2A細胞 ,  神経変性疾患 ,  遺伝的変異
準シソーラス用語： 変異 ,  スコア ,  特異性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： FUS ,  RNA結合蛋白質 ,  RNA結合モチーフ ,  CLIP-seq ,  Nascent seq

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： CLIP ,  正規化 ,  FUS ,  モチーフ