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J-GLOBAL ID：201702255986436213   整理番号：17A1003810

生物種毎の遺伝子の重複と喪失と複数個体の合祖の存在下での調和の可能性

Reconciliation feasibility in the presence of gene duplication, loss, and coalescence with multiple individuals per species

著者 (5件)： ROGERS Jennifer (Harvey Mudd Coll.) ,  FISHBERG Andrew (Harvey Mudd Coll.) ,  YOUNGS Nora (Harvey Mudd Coll.) ,  YOUNGS Nora (Colby Coll.) ,  WU Yi-Chieh (Harvey Mudd Coll.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： June  ページ： 18:292 (WEB ONLY)  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:系統発生学においては,進化モデルの枠組みの中で生物種樹と遺伝子樹を調和させることをしばしば試みる。真核生物種に対する最も一般的なモデルは,遺伝子の重複と遺伝子の喪失のみを可能にするか,または複数種の合祖のみを可能にするが,最近の研究では,これらの現象を調和構造,つまり遺伝子ファミリーの重複-喪失および合祖履歴を同時に記述する同時標識合祖木(LCT)によってこれらの現象を結合している。しかしLCTにより,生物種毎に1つの個体しか採取されないものの,一方遺伝子配列決定の進歩に伴い現在では生物種毎ごとに複数のサンプルにアクセスできるという簡略化した仮定が成り立つ。結果:本研究では,これらの追加サンプルでは,どの樹とも調和することが不可能な遺伝子樹トポロジーが存在することを実証した。特に複数のサンプルは,有効な調和の中で重複の配置に新しい制約を適用する。これらの制約をモデル化するために,本研究ではLCTを部分的に標識した部分標識合祖木(PLCT)という新しい構造に拡張し,PLCTを用いて遺伝子樹トポロジーの実現可能性を評価する方法を示した。可能性のある情報源の特徴を明らかにするために,本アルゴリズムを2種の類人猿とハエに適用した。結論:今後,このモデルは種毎に複数のサンプルを持つ重複消失合祖モデルの調和を理解するための第一歩となると考えている。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝子重複 ,  *遺伝子欠損 ,  *遺伝子 ,  生物学 ,  *モデル ,  系統樹 ,  真核生物 ,  ヌクレオチド配列 ,  モデリング ,  サル ,  双翅類 ,  遺伝子座 ,  ブートストラップ
準シソーラス用語： 生物種 ,  *遺伝子喪失 ,  *合祖 ,  調和 ,  系統発生学 ,  *進化モデル ,  *遺伝子ファミリー ,  遺伝子配列決定 ,  モデル化 ,  類人猿 ,  ハエ ,  ブートストラップ法

分類 (3件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 生物種 ,  遺伝子 ,  個体 ,  調和 ,  可能性