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J-GLOBAL ID：201702256075361731   整理番号：17A1004448

pandaRによる遺伝子制御ネットワークを評価する

Estimating gene regulatory networks with pandaR

著者 (5件)： SCHLAUCH Daniel (Brigham and Women’s Hospital, MA, USA) ,  PAULSON Joseph N. (Brigham and Women’s Hospital, MA, USA) ,  YOUNG Albert (Brigham and Women’s Hospital, MA, USA) ,  GLASS Kimberly (Brigham and Women’s Hospital, MA, USA) ,  QUACKENBUSH John (Brigham and Women’s Hospital, MA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 14  ページ： 2232-2234  発行年： 2017年07月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 相関関係に基づくネットワークはトランスクリプトームデータ分析に広く用いられているが,遺伝子の制御領域への転写因子(TFs)の結合のような遺伝子発現に関与する生物学的機構を明確にモデル化することは出来ない。PANDAはTFsとそれらの標的遺伝子との相互作用を明確にモデル化するための統合型ネットワーク推定ソフトである。PANDAは遺伝子上における配列基盤で決定したTF標的マッピングから誘導されるネットワークモデルを初期設定することから始め,メッセージパッシング構成を用いてそれぞれの遺伝子発現に対応する表現型データとその他のデータから初期モデルを再構成し洗練する方法がとられる。PANDAは数多くの応用を経て,種々の疾病と他の表現型に関連する遺伝子とTFsの制御機構に新たな眺望をもたらした。pandaRはPANDAを実装する,R言語を用いるBioconductorパッケージであり,遺伝子制御ネットワークにおける診査用データ分析の枠組みをもたらすものである。本論文ではpandaRの実用性を紹介した。

シソーラス用語： オブジェクト指向プログラミング ,  プロセス間交信 ,  構成 ,  プログラミング言語 ,  プログラムパッケージ ,  トランスクリプトーム ,  転写因子 ,  遺伝子発現 ,  遺伝子 ,  分子間相互作用 ,  ネットワーク ,  遺伝的調節 ,  表現型 ,  *データベース ,  データ解析 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： R言語 ,  フレームワーク ,  メッセージパッシング ,  *pandaR ,  標的遺伝子 ,  蛋白質-DNA相互作用 ,  *遺伝子制御ネットワーク ,  *PANDA

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 遺伝子制御ネットワーク ,  評価