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J-GLOBAL ID：201702256276931842   整理番号：17A1518244

高密度SNPマーカーを用いて,中国ホルスタイン牛のゲノム交雑を分析した。【JST・京大機械翻訳】

Estimation of genomic inbreeding coefficients based on high-density SNP markers in Chinese Holstein cattle

著者 (9件)： Yang Zhancheng (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Huang Hetian (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Yan Qingxia (中国nai業協会nai牛数据中心,北京,100192) ,  Wang Yachun (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Yu Ying (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Chen Shaohu (中国nai業協会nai牛数据中心,北京,100192) ,  Sun Dongxiao (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Zhang Shengli (中国農業大学動物科技学院,北京,100193) ,  Zhang Yi (中国農業大学動物科技学院,北京,100193)
資料名： Yichuan  (Yichuan)
巻： 39  号： 1  ページ： 41-47  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2546A  ISSN： 0253-9772  CODEN： ICHUDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 家畜の育種において、伝統的に系統情報を利用して群体の近交程度を評価する。近年、ハイスループットの一塩基多型(single nucleotide polymorphism、SNP)の検査コストが低下することにより、ゲノム情報を利用して真の遺伝子組の近交程度を分析することが可能になった。本研究では、ウシ54KSNPチップデータを用いて、北京地域の2107頭ホルスタイン牛のゲノム上の長いホモ接合断片(runs of homozygosity,ROH)の頻度と分布を統計し、2つの遺伝子組の近交係数を計算した。すなわち、染色体上のROHの長さはゲノム総長さの割合(Froh)及び個体のすべての標記遺伝子型におけるホモ接合体の占める割合、即ちゲノムの純度(Fhom)を占めている。さらに,2つの遺伝子群の近交係数の間の相関性,および近交系と近交系の近交係数の間の相関を分析した。結果により、計476個のROH断片が検出され、その長さは主に1~10Mbの間に分布していることが分かった。異なる長さのROHは個体群内に散布され、短いROHは長いROHよりよく見られ、ROHは染色体上で均一に分布しないが、ROHの頻度が最も高い領域は10番染色体の中部である。2つの遺伝子組の近交係数の間の相関性は非常に高く(91%以上)、しかし、遺伝子組の近交と系統の近交との間の相関性は比較的に低かった(50%以下)。系統の完全性は遺伝子組の近交と系統の近交結果の一致に影響を与える重要な要素であり、遺伝子組の近交係数は個体の真の近交を反映でき、本研究は群体の近交レベルを評価するために有力なツールを提供した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *中華人民共和国 ,  遺伝子型 ,  一塩基多型 ,  *ホルスタイン ,  *ゲノム ,  個体群 ,  同系交配 ,  遺伝子 ,  *交雑
準シソーラス用語： 染色体10 ,  近交系 ,  遺伝子クラスタ ,  近交係数 ,  ゲノム情報 ,  *SNPマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： inbreeding coefficient ,  genomic homozygosity ,  pedigree ,  ROH ,  Chinese Holstein cattle

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (6件)： SNPマーカー ,  中国 ,  ホルスタイン牛 ,  ゲノム ,  交雑 ,  分析