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J-GLOBAL ID：201702256775085410   整理番号：17A0639060

蛋白質-DNA複合体の特異的認識モチーフにおける非共有相互作用

Noncovalent Interactions in Specific Recognition Motifs of Protein-DNA Complexes

著者 (6件)： STASYUK Olga A. (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Prague, CZE) ,  JAKUBEC David (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Prague, CZE) ,  JAKUBEC David (Charles Univ. in Prague, Prague, CZE) ,  VONDRASEK Jiri (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Prague, CZE) ,  HOBZA Pavel (Inst. of Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Prague, CZE) ,  HOBZA Pavel (Palacky Univ., Olomouc, CZE)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 2  ページ： 877-885  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-DNA相互作用の重要性を考えて,蛋白質データバンクから幾何学的およびエネルギー特異性基準に合致するヌクレオチドとアミノ酸の複合体を抽出し,量子化学を用いて調べた。ベンチマークとしてCCSD(T)/CBS相互作用エネルギー用い,MP2.5,MP2-F12,DFT-D3およびPM6-D3H4の性能を比較した。全ての方法は,参照値とよく一致した。DFT-SPAT解析に従って,非共有相互作用の性質は,アミノ酸タイプに強く依存した。

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  *DNA【核酸】 ,  *DNA結合タンパク質 ,  データベース ,  *タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  アミノ酸 ,  複合体 ,  抽出 ,  データ ,  量子化学 ,  ベンチマーク ,  CCSD/T法 ,  エネルギー ,  相互作用 ,  MP2法 ,  密度汎関数法
準シソーラス用語： *蛋白質-DNA相互作用 ,  蛋白質データバンク ,  データ抽出 ,  CCSD(T)法 ,  相互作用エネルギー ,  DFT方法

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  分子間相互作用  (BH07020P)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  DNA複合体 ,  モチーフ ,  共有 ,  相互作用