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J-GLOBAL ID：201702257045711622   整理番号：17A1090650

バックツーバックアダプタを用いた連結仲介PCRはGC含量の変動に起因する増幅バイアスを減少させる【Powered by NICT】

Ligation-mediated PCR with a back-to-back adapter reduces amplification bias resulting from variations in GC content

著者 (4件)： Ishihara Satoru (Department of Biochemistry, Fujita Health University School of Medicine, Toyoake, Aichi 470-1192, Japan) ,  Kotomura Naoe (Department of Biochemistry, Fujita Health University School of Medicine, Toyoake, Aichi 470-1192, Japan) ,  Yamamoto Naoki (Laboratory of Molecular Biology and Histochemistry, Fujita Health University School of Medicine, Toyoake, Aichi 470-1192, Japan) ,  Ochiai Hiroshi (PRESTO, JST, Department of Mathematical and Life Sciences, Graduate School of Science, Hiroshima University, Higashi-Hiroshima, Hiroshima 739-8530, Japan)
資料名： Analytical Biochemistry  (Analytical Biochemistry)
巻： 531  ページ： 37-44  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0177B  ISSN： 0003-2697  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 連結仲介ポリメラーゼ連鎖反応(LM PCR)はDNAフラグメントのプールの増幅のための一般的な方法である。,back-to-back配向における二プライマー配列の二本鎖オリゴヌクレオチドをLM-PCRに対するアダプターとして設計した。DNA断片はこのアダプターと結合した場合,フラグメントはランダム配向における二アダプタの間に挟んだ。その後PCRでは,異なるプライマー配列,各末端でアダプターの反対側に結合したライゲーション生成物は各末端同一プライマー配列で結合した生成物と比較して優先的に増強した。LM-PCRにおけるこのアダプタの使用は,高いGC含量を持つ基質DNAによるPCRの障害を減少させ,従来のLM-PCRアダプタの使用と比較した。この結果は筆者らの手法が基質DNAの配列文脈の固有特性により引き起こされることを増幅バイアスの低減に寄与する可能性があることを示唆した。ヒストンH3の特異型のプルダウンを用いたクロマチン免疫沈降アッセイから得られたDNA合成は,修飾LM-PCRを用いて増幅し,増幅産物は蛍光in situハイブリダイゼーション分析のプローブとして用いることができる。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： DNA合成 ,  オリゴヌクレオチド ,  プローブ ,  基質 ,  *バイアス ,  *アダプタ ,  FISH ,  PCR法 ,  蛍光 ,  DNA【核酸】
準シソーラス用語： アンプリコン ,  クロマチン免疫沈降反応 ,  ヒストンH3 ,  DNAフラグメント ,  *GC含量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： LM PCR ,  アダプタ ,  GC含量 ,  逆反復 ,  ChIP ,  FISH

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 仲介 ,  PCR ,  GC含量 ,  起因 ,  増幅 ,  バイアス