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J-GLOBAL ID：201702257070352786   整理番号：17A1207562

FMDV感染に応答したブタPBMCのトランスクリプトーム解析【Powered by NICT】

Transcriptomic analysis of porcine PBMCs in response to FMDV infection

著者 (15件)： Zhao Fu-Rong (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Zhao Fu-Rong (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Zhao Fu-Rong (Key Laboratory of Fujian Province livestock epidemic prevention and control and biological technology, Longyan, Fujian Province 364012, People’s Republic of China) ,  Xie Yin-Li (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Xie Yin-Li (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Liu Ze-Zhong (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Liu Ze-Zhong (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Shao Jun-Jun (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Shao Jun-Jun (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Li Shi-Fang (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Li Shi-Fang (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Zhang Yong-Guang (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Zhang Yong-Guang (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China) ,  Chang Hui-Yun (State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, National Foot-and-Mouth Disease Reference Laboratory, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, Gansu Province 730046, People’s Republic of China) ,  Chang Hui-Yun (Jiangsu Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses, Yangzhou, Jiangsu Province 225009, People’s Republic of China)
資料名： Acta Tropica  (Acta Tropica)
巻： 173  ページ： 69-75  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1147A  ISSN： 0001-706X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 口蹄疫(FMD)は有意な人畜共通感染症である。は世界中で重要な経済的影響を持っている。同様に,食糧安全保障にかなりの脅威である。現在,FMDV感染の分子機構は,かなりの程度まで明らかになっていない。先天性免疫応答は,感染症に対する防御の第一線である。感染に対する宿主免疫反応の系統的解析は感染の病因の理解に重要な役割を果たす。しかし,ウイルスと宿主細胞の相互作用におけるウイルス複製に及ぼす免疫調節の影響に関する報告はほとんどない。転写解析のための強力で効率的な手段としてのハイスループットRNA-seq技術はFMDV研究に新しい洞察を提供する。本研究では,ブタPBMCから抽出したRNAは4dpiでOサブタイプFMDVに感染した。合計29942658と31452917Illuminaリード対の非感染(NI)群と感染(I)群からそれぞれ得られた。すべてのサンプルのための清浄な塩基である3.61G(NI群)と3.79G(I群)であった。ブタゲノムデータにマッピングされたNIとI群のクリーン読み取りは47195073(81.82%)と46556714(76.85%)であった。最もクリーン読み取りのはエキソン領域をもっており,イントロン領域および遺伝子間領域に分布していた。発現異なる(DE)遺伝子はedgeRソフトウェアを用いて解析した。451遺伝子は感染および非感染群間で差次的に発現した。比較分析によると,より多くの遺伝子は,451の遺伝子ダウンレギュレーションされていたのFMDV0.66に感染した451遺伝子のうち385はFMDV感染後にアップレギュレートされていたよりも感染していない試料においてダウンレギュレーションされた。機能分類および経路分析のために,17741に組み立てられたユニジーンの中で,GOの異なる遺伝子である349の遺伝子が存在する。さらに,49遺伝子がダウンレギュレートされ,300の遺伝子がGO項と関連する上方制御された。1621はGO帰属による注釈に成功した,三カテゴリー:生物学的プロセス,細胞成分,及び分子機能の1種以上に属する。KEGG解析によれば,主な経路は小胞体,ファゴソーム,細胞周期,サイトカイン-サイトカイン受容体相互作用における蛋白質プロセシングを含む表された。免疫プロセスとシグナル伝達経路に関連するいくつかの重要なDE遺伝子はRT-PCRにより解析し,定量した。はFMDVに感染したブタPBMCの初めての系統的なトランスクリプトーム解析である。これらの知見は,宿主細胞FMDV相互作用と病原性との関係をより良く理解するだけでなく,FMDVの予防と制御に寄与する助けとなるであろう。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 相互作用 ,  細胞周期 ,  *感染 ,  病因 ,  RT-PCR法 ,  ウイルス複製 ,  自然免疫 ,  サイトカイン ,  ダウンレギュレーション ,  RNA【核酸】 ,  ウイルス ,  病原性 ,  アップレギュレーション
準シソーラス用語： 宿主細胞 ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： FMDV ,  ブタ末梢血単核細胞 ,  トランスクリプトーム解析

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 感染 ,  応答 ,  ブタ ,  PBMC ,  トランスクリプトーム解析