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J-GLOBAL ID：201702257220400457   整理番号：17A0190730

ナノコール: オクスフォードナノポア配列決定データのためのオープンソースベースコーラー

Nanocall: an open source basecaller for Oxford Nanopore sequencing data

著者 (7件)： DAVID Matei (Ontario Inst. for Cancer Res., Toronto, CAN) ,  DURSI L. J. (Ontario Inst. for Cancer Res., Toronto, CAN) ,  YAO Delia (Ontario Inst. for Cancer Res., Toronto, CAN) ,  BOUTROS Paul C. (Ontario Inst. for Cancer Res., Toronto, CAN) ,  BOUTROS Paul C. (Univ. Toronto, Toronto, CAN) ,  SIMPSON Jared T. (Ontario Inst. for Cancer Res., Toronto, CAN) ,  SIMPSON Jared T. (Univ. Toronto, Toronto, CAN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 1  ページ： 49-55  発行年： 2017年01月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者等は,ゲノム直接配列決定のための高ポータブルオクスフォードナノポアMinIONシーケンサを開発した。しかし,MinIONは,ベースコールに局所発生配列決定データを翻訳するために現在クラウドコンピューティングプラットフォーム,Metrichor(metrichor.com)に依存している。本稿では,MinIONデータのオフラインとプライベート分析を可能にするためにナノコールシステムを開発した。ナノコールはオクスフォードナノポア配列決定データのための自由に入手可能なオープンソースベースコーラーであり,インターネット接続を必要としない。自然とPCR増幅DNAとして2大腸菌と2ヒト試料を用いたR7.3化学を用いることにより,ナノコールは約68%の同一性を読み取ることができ,Metrichor‘1D’データと比較できる。さらに,ナノコールは最速設定を用いることによりコア時間当たり約2500Kbpのシーケンサを完全に並列に処理できる。4コアデスクトップコンピュータを用いることにより,ナノコールは実時間でMinION配列決定を走らせることができことを示した。

シソーラス用語： *ヌクレオチド配列 ,  *遺伝学実験技術 ,  *分散処理 ,  *プログラムパッケージ ,  データ読取 ,  並列処理 ,  パーソナルコンピュータ ,  実時間処理
準シソーラス用語： オープンソース ,  オフライン ,  クラウドコンピューティング ,  遺伝子配列決定 ,  *次世代シーケンサー

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (1件)： コール