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J-GLOBAL ID：201702257762720818   整理番号：17A1554453

ハイスループットクロマチン立体配座捕獲データからのゲノム領域の進化空間クラスタ【Powered by NICT】

Evolving Spatial Clusters of Genomic Regions From High-Throughput Chromatin Conformation Capture Data

著者 (3件)： Li Xiangtao (Department of Computer Science and Information Technology, Northeast Normal University, Changchun, China) ,  Ma Shijing (Department of Computer Science and Information Technology, Northeast Normal University, Changchun, China) ,  Wong Ka-Chun (Department of Computer Science, City University of Hong Kong, Hong Kong)
資料名： IEEE Transactions on Nanobioscience  (IEEE Transactions on Nanobioscience)
巻： 16  号： 6  ページ： 400-407  発行年： 2017年 
JST資料番号： W1381A  ISSN： 1536-1241  CODEN： ITMCEL  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット染色体立体配座捕捉(Hi C)法は間期染色体への構造的洞察の多くを明らかにした。本論文では,大域的最適化問題として問題を定式化することによりHi-Cコンタクトマップからゲノム領域の空間クラスターを明らかにした。非凸目的と非負制約下,著者らはいくつかの進化的アルゴリズムを実装し,非負行列因子分解との性能を比較し,問題への新たな洞察を明らかにした。ロバストで正確な空間クラスタを得るために,HiCDEと呼ばれる新しいハイブリッド微分進化アルゴリズム,微分進化アルゴリズムにより提供された各候補個体別局所探索として非負行列因数分解を採用したを提案した。各個体の適応度に基づいて,集団は異なるサイズの三つの亜集団に分割される;各亜集団は,利用または探査のための特異的突然変異戦略を備えている。最後に,プール内の全ての制御パラメータは,試験ベクトルを生成するための選択される等しい確率を有していた。HiCDEの有効性とロバスト性は酵母とヒト,時間計算量解析,収束解析,パラメータ解析と事例研究の染色体Hi-Cコンタクトマップの実世界性能ベンチマーキングにより支持された。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *ゲノム ,  ヒト ,  事例研究 ,  *クラスタ ,  近傍探索法 ,  *立体配座 ,  ベクトル ,  染色体 ,  定式化 ,  ロバスト性 ,  突然変異
準シソーラス用語： 微分進化アルゴリズム ,  進化的アルゴリズム ,  大域的最適化 ,  *ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 立体配座 ,  捕獲 ,  ゲノム ,  進化 ,  クラスタ