文献

J-GLOBAL ID：201702258051617454   整理番号：17A1560131

RNA配列決定とメタトランスクリプトーム実験のためのカスタム化されたワークフローの開発とデータモジュール化概念【Powered by NICT】

Customized workflow development and data modularization concepts for RNA-Sequencing and metatranscriptome experiments

著者 (8件)： Lott Steffen C. (Genetics and Experimental Bioinformatics, Faculty of Biology, University of Freiburg, Schaenzlestr. 1, 79104 Freiburg, Germany) ,  Wolfien Markus (Department of Systems Biology & Bioinformatics, University of Rostock, Ulmenstr. 69, 18057 Rostock, Germany) ,  Riege Konstantin (Transcriptome Bioinformatics Group, LIFE Research Complex, University Leipzig, Haertelstrasse 16-18, 04107 Leipzig, Germany) ,  Bagnacani Andrea (Department of Systems Biology & Bioinformatics, University of Rostock, Ulmenstr. 69, 18057 Rostock, Germany) ,  Wolkenhauer Olaf (Department of Systems Biology & Bioinformatics, University of Rostock, Ulmenstr. 69, 18057 Rostock, Germany) ,  Wolkenhauer Olaf (Stellenbosch Institute of Advanced Study (STIAS), Wallenberg Research Centre at Stellenbosch University, 7602 Stellenbosch, South Africa) ,  Hoffmann Steve (Transcriptome Bioinformatics Group, LIFE Research Complex, University Leipzig, Haertelstrasse 16-18, 04107 Leipzig, Germany) ,  Hess Wolfgang R. (Genetics and Experimental Bioinformatics, Faculty of Biology, University of Freiburg, Schaenzlestr. 1, 79104 Freiburg, Germany)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 261  ページ： 85-96  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA配列決定(RNA-seq)は,トランスクリプトームデータの定量的及び定性的側面を研究するために広く用いられている方法となっている。RNA-Seqプロトコル,実験的研究設計と研究中の生物の特性の多様性は,下流と比較分析に大きく影響する。本レビューでは,実験データ解析に向けた構造化事前選択,モジュール化されたデータ解析ワークフロー内で最良のツールの分類と統合と即時使用可能計算インフラストラクチャの影響を説明することを目的とする。は,血管新生誘導因子,真核生物および混合二重RNA-Seq(メタトランスクリプトミクス)実験のための提案されたワークフローとユースケースの例を明らかにした。添加では,プロジェクトコンソーシアムに参加する研究室の専門知識「RNA-Seq実験の構造化分析と統合」(de。STAIR)とRNA生物情報学センター(RBC)の銀河ワークベンチとの統合を要約した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *ワークフロー ,  構造形成 ,  血管新生 ,  プロトコル ,  *RNA【核酸】 ,  真核生物 ,  データ解析 ,  *カスタム化 ,  インフラストラクチャー
準シソーラス用語： トランスクリプトーム解析 ,  バイオインフォマティクス ,  専門知識 ,  ユースケース ,  *モジュール化 ,  比較分析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ワークフロー開発 ,  トランスクリプトミクス ,  調節RNA ,  Metatranscriptomics

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA ,  トランスクリプトーム ,  実験 ,  ワークフロー ,  開発 ,  概念