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J-GLOBAL ID：201702258689786753   整理番号：17A1431173

STRaitかみそり3.0を用いた高速STR対立遺伝子同定【Powered by NICT】

Fast STR allele identification with STRait Razor 3.0

著者 (4件)： Woerner August E. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  King Jonathan L. (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center for Human Identification, University of North Texas Health Science Center, 3500 Camp Bowie Blvd., Fort Worth, TX 76107, USA) ,  Budowle Bruce (Center of Excellence in Genomic Medicine (CEGMR), King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 30  ページ： 18-23  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 超並列シークエンシング(MPS)データにおける短鎖縦列反復配列(STRs)のハプロタイプを特性化しプログラム,短鎖縦列反復対立遺伝子同定ツール(STRaitかみそり)を再設計した。STRait Razorν3は,その以前のバージョン(v2s),アンカー配列の「ファジィ」(近似)ストリングマッチングを実行するために使用される新しいインデクシング戦略に大きく起因することを高速化よりも~660×速い対立遺伝子同定を行った。携帯コンパイル言語で書かれ,C++,STRait Razorν3は,Microsoft Windowsを含む全ての主要なオペレーティングシステムに機能し,それは,プラットフォーム間マルチスレッド支援を持っている。STRaitかみそりの精度と正確度のin silico推定ではν3は,この評価で100%であり,結果は海峡Razor v2sの結果と高度に一致した。STRait Razorν3は,ハプロタイプ報告プロセスを単純化し,DNA分子の反対鎖上にコードされている遺伝子座内の低周波ハプロタイプと同様に併合ハプロタイプを除去する簡単なフィルタを含むいくつかの重要な特徴を加えた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 超並列処理 ,  DNA【核酸】 ,  キャラクタリゼーション ,  Windows ,  *高速度 ,  高速化 ,  フィルタ ,  オペレーティングシステム ,  曖昧さ ,  簡素化 ,  ハプロタイプ ,  マルチスレッド ,  近似法
準シソーラス用語： 短鎖縦列反復配列 ,  *遺伝子同定 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： STRaitかみそり ,  短タンデム反復配列 ,  バイオインフォマティクス ,  超並列配列決定 ,  隣接変動

分類 (1件)： オペレーティングシステム  (JD03020J)

タイトルに関連する用語 (3件)： かみそり ,  STR ,  遺伝子同定