文献

J-GLOBAL ID：201702259381509268   整理番号：17A0991775

最大尤度およびマルコフ連鎖モンテカルロ法下の単一遺伝子座種境界設定のための多重比率ポワソンツリープロセス

Multi-rate Poisson tree processes for single-locus species delimitation under maximum likelihood and Markov chain Monte Carlo

著者 (10件)： KAPLI P (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  LUTTEROPP S. (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  LUTTEROPP S. (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU) ,  ZHANG J. (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  KOBERT K. (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  PAVLIDIS P. (Hellas Inst. Computer Sci. GR, Crete, GRC) ,  STAMATAKIS A. (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  STAMATAKIS A. (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU) ,  FLOURI T. (Heidelberg Inst. Theoretical Studies, Heidelberg, DEU) ,  FLOURI T. (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 11  ページ： 1630-1638  発行年： 2017年06月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 近年,生物多様性を定量し,分類するための分子的種境界設定に良く用いられている距離に基づく手法は,類似性閾値パラメーターに感受性であり,進化的関連を無視する。ポワソンツリープロセス(PTP)法は,そのような閾値に頼らず,系統発生を考慮するが,大きなデータセットに適用したとき,種内多様性を説明せず,また分析速度が遅くなる。本稿では,このようなPTP法の欠点を軽減した改善法である多重比率PTP(mPTP)について紹介する。mPTPは,http://github.com/Pas-Kapli/mptpからダウンロード可能であり,ウェブサービスが,http://mptp.h-its.orgにて利用可能である。

シソーラス用語： *最尤法 ,  *モンテカルロ法 ,  系統発生 ,  *アルゴリズム ,  遺伝子座
準シソーラス用語： 最大尤度 ,  *Markov連鎖モンテカルロ法 ,  *分類方法 ,  *生物種

分類 (2件)： 生物科学一般  (EA01010W) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 最大尤度 ,  マルコフ連鎖モンテカルロ法 ,  遺伝子座 ,  境界 ,  多重 ,  比率