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J-GLOBAL ID：201702259450883035   整理番号：17A1970672

トランスクリプトーム配列決定及び多重参照種選択を用いた2種の異なるイリドウイルスを用いたハタ感染の比較【Powered by NICT】

Comparison of grouper infection with two different iridoviruses using transcriptome sequencing and multiple reference species selection

著者 (6件)： Liu Chun-Cheng (Department of Computer Science and Engineering, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan) ,  Ho Li-Ping (Center of Excellence for the Oceans, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan) ,  Yang Cin-Hang (Department of Computer Science and Engineering, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan) ,  Kao Tsung-Yu (Department of Aquaculture, College of Life Science, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan) ,  Chou Hsin-Yiu (Department of Aquaculture, College of Life Science, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan) ,  Pai Tun-Wen (Department of Computer Science and Engineering, National Taiwan Ocean University, Keelung, 202, Taiwan)
資料名： Fish & Shellfish Immunology  (Fish & Shellfish Immunology)
巻： 71  ページ： 264-274  発行年： 2017年 
JST資料番号： W1617A  ISSN： 1050-4648  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 台湾における高密度養殖のために,ハタは二異なるイリドウイルス:メガロサイチ(台湾,TGIVのグルーパーイリドウイルス)及びラナウイルス(グルーパーイリドウイルス,GIV)で一般的に感染する。Iridoviral疾患は大量死を引き起こし,生存魚は,これらの病原体,水平にも移動できるを保持していた。これらのウイルスは,ハタ養殖のための主要な課題となっている。本研究では,これらの二つの異なるイリドウイルス感染に対するハタの生物学的応答の比較を行った。トランスクリプトーム解析のための新しいアプローチは,差次的に発現した遺伝子と関連する生物学的経路の発見を強化するために提案した。この方法では,適切で利用可能な参照種はただ一つのモデル種を選択または参照としてNCBI非冗長データセットを採用することの代わりにNCBI分類学系図とEnsemblとKEGGデータベースから選択した。著者らの結果は,参照として複数の適切なモデル種の選択は,従来の方法のそれと比較して解析の効率と性能を増加させることを示した。この方法を用いて,17共有経路と5種の特異的経路は有意に二イリドウイルス感染後特異的に発現することが分かった,その中で11経路は,複数の参照種選択の提案した方法に基づいて同定した。特異的イリドウイルス感染に応答する経路の中で,スプライセオソーム経路(ko03040;p値=0.0011)はTGIV感染に関連したのみであり,解糖/グルコネオゲネシス経路(ko00010;p値=0.0032)は,GIV感染と関連していた。これらの発見と設計された対応する生物学的実験は,TGIVとGIVの両方が致命的な感染症を引き起こす機構のより深い理解だけでなく,それらが異なる病理と症状を誘導する方法を促進するかもしれない。de novoトランスクリプトーム解析のために提案された新しい機構は優れており,包括的な機能的アノテーションを提供し,同定された得られた共有および特異的経路は,近い将来における各種イリドウイルスに対する特異的ワクチンを開発免疫学者に役立つ可能性があると信じている。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： データベース ,  アノテーション ,  病原体 ,  遺伝子 ,  ワクチン ,  *トランスクリプトーム ,  *ウイルス ,  感染症 ,  *感染 ,  RNA【核酸】 ,  台湾 ,  養殖 ,  病理
準シソーラス用語： トランスクリプトーム解析 ,  *イリドウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： グルーパー ,  イリドウイルス ,  RNA-seq ,  生物学的経路 ,  多重参照種

分類 (3件)： 魚類以外の水産動物  (FH02030V) ,  免疫反応一般  (ED03010T) ,  生体防御と免疫系一般  (ED01010F)

タイトルに関連する用語 (6件)： トランスクリプトーム ,  多重 ,  参照 ,  イリドウイルス ,  ハタ ,  感染