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J-GLOBAL ID：201702260542013593   整理番号：17A1003794

連続ゲノム領域の標的増幅のための多重プライマー設計アルゴリズム

A multiplex primer design algorithm for target amplification of continuous genomic regions

著者 (2件)： OZTURK Ahmet Rasit (Middle East Technical Univ.) ,  CAN Tolga (Middle East Technical Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： June  ページ： 18:306 (WEB ONLY)  発行年： 2017年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:標的を絞った次世代シークエンシング(NGS)アッセイは,Sangerシーケンシングに代わる費用対効果と信頼性の高い代替法である。非常に大きな遺伝子セットのシーケンシングのためには,標的濃縮アプローチが適している。しかし,より小さなゲノム領域については標的増幅方法が,標的濃縮法とSangerシーケンシングよりも効率的である。標的増幅方法の主な難点は,所要時間,装置および労力を要するアンプリコンの調製である。多重PCR(MPCR)は,上記の問題に対する優れた解決策である。結果:本研究では,臨床的に信頼性の高いPCR設計プロセスのベストプラクティスに従って,連続ゲノム領域のMPCRプライマを設計するための新方法を提案した。48種類の因子の組み合わせによる実験的セットアップについて,複数のパラメータが最初の実行可能な解を見つけるために有効であることを明らかにした。最も実現可能な解を見出すために長い時間を待つことは有意な影響を及ぼさなかったのに対し,最初のプライマ候補選択配列の長さを長くするとより良い結果が得られた。結論:本研究では2000bp~2100bpの間のHBB(ヘモグロビンサブユニットβ)全遺伝子,MEFV(地中海熱遺伝子)コード領域およびヒトエキソンのMPCRプライマ設計を作製した。本研究のベンチマーク実験は,提案されたMPCRアプローチが,妥当な時間内に所与配列について信頼できるNGSアッセイプライマーを産生することができることを示す。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *PCR法 ,  最適化手法 ,  遺伝情報 ,  *遺伝子増幅 ,  プライマー【遺伝】 ,  アルゴリズム ,  ヌクレオチド配列 ,  効果 ,  信頼性 ,  *遺伝子 ,  分析 ,  ヘモグロビン ,  遺伝病 ,  発作 ,  免疫病 ,  エキソン ,  ヒト
準シソーラス用語： *多重PCR法 ,  ベストプラクティス ,  ゲノム構造 ,  *プライマーデザイン ,  次世代シークエンシング ,  費用対効果 ,  *アンプリコン ,  実現可能性分析 ,  ヘモグロビンサブユニット ,  地中海熱 ,  地中海熱遺伝子

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  標的 ,  増幅 ,  多重 ,  プライマー設計 ,  アルゴリズム