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J-GLOBAL ID：201702260558038644   整理番号：17A1729982

GPUを用いた高速DNA混合物解析を行う線形代数アプローチ【Powered by NICT】

A linear algebra approach to fast DNA mixture analysis using GPUs

著者 (5件)： Samsi Siddharth (MIT Lincoln Laboratory, Lexington, MA) ,  Helfer Brian (MIT Lincoln Laboratory, Lexington, MA) ,  Kepner Jeremy (MIT Lincoln Laboratory, Lexington, MA) ,  Reuther Albert (MIT Lincoln Laboratory, Lexington, MA) ,  Ricke Darrell O. (MIT Lincoln Laboratory, Lexington, MA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： HPEC  ページ： 1-6  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA試料の分析は,法医学における重要なツールであり,分析速度は研究に影響を与えることができる。DNA配列の比較は,短鎖縦列反復配列(STR)の解析,2 5塩基対の短いDNA配列に基づいている。電流法医学アプローチは解析のための20のSTR遺伝子座を用いた。一塩基多型(SNP)の使用は,複雑なDNA混合物の分析のための有用性を持つ。法医学分析を分析するDNA試料の遺伝子座数および数の積でスケールが解析のための千SNP遺伝子座の十の使用は顕著な計算課題を提起する。本論文では,線形代数プリミティブの観点においてそのアルゴリズムを改変することによりDNA配列比較アルゴリズムの実装を論じた。DNA比較に過負荷行列乗算方法を開発して,DNA試料の比較を高速化するための密行列乗算(DGEMM(倍精度汎用行列乗算)のためのGPUハードウェアとアルゴリズムの進歩を利用することができる。NVIDIA K80GPUを用いた6秒で知られている試料を2048個の未知DNA試料の比較二千万が可能であることを示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *高速度 ,  *DNA【核酸】 ,  *線形代数 ,  過負荷 ,  塩基対 ,  アルゴリズム ,  高速化 ,  一塩基多型 ,  ハードウェア ,  電流 ,  法医学
準シソーラス用語： 行列積 ,  短鎖縦列反復配列 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 法医学  (GA03000B) ,  電気泳動分析  (CC04017K)

タイトルに関連する用語 (6件)： GPU ,  DNA ,  混合物 ,  解析 ,  線形 ,  代数アプローチ