文献

J-GLOBAL ID：201702261389536149   整理番号：17A0478457

P3BSseq 重亜硫酸塩配列決定データの自動分析のための並列処理パイプラインソフトウェア

P3BSseq: parallel processing pipeline software for automatic analysis of bisulfite sequencing data

著者 (9件)： LUU Phuc-Loi (Max Planck Inst. for Molecular Biomedicine, Muenster, DEU) ,  GEROVSKA Daniela (Biodonostia Health Res. Inst., San Sebastian, ESP) ,  ARROSPIDE-ELGARRESTA Mikel (Biodonostia Health Res. Inst., San Sebastian, ESP) ,  RETEGI-CARRION Sugoi (Biodonostia Health Res. Inst., San Sebastian, ESP) ,  SCHOELER Hans R. (Max Planck Inst. for Molecular Biomedicine, Muenster, DEU) ,  SCHOELER Hans R. (Univ. Muenster, Muenster, DEU) ,  ARAUZO-BRAVO Marcos J. (Max Planck Inst. for Molecular Biomedicine, Muenster, DEU) ,  ARAUZO-BRAVO Marcos J. (Biodonostia Health Res. Inst., San Sebastian, ESP) ,  ARAUZO-BRAVO Marcos J. (IKERBASQUE, Bilbao, ESP)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 3  ページ： 428-431  発行年： 2017年02月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 重亜硫酸塩配列決定(BSseq)処理は,最も面倒な次世代シークエンサー(NGS)応用の1つである。トリミングし,アラインメントし,アノテーションし,中間結果を記録し,重亜硫酸塩変換品質評価を行い,BEDメチロームを生成し,NIH基準に従ってファイルを報告するBSseqの自動分析のための並列処理パイプライン,P3BSseqを開発した。P3BSseqは実行時間,コンピュータハードウェア必須要件に関して既知のBSseqマッパーを凌駕し,拡張されたBSseq読取の処理に対し最適化された。

シソーラス用語： *亜硫酸水素塩 ,  遺伝学実験技術 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *自動分析 ,  *並列処理 ,  *パイプライン処理 ,  *ソフトウェア ,  自動分析計 ,  トリミング ,  アラインメント ,  アノテーション ,  記録 ,  評価 ,  研究所 ,  計算機ファイル ,  時間 ,  プログラム実行 ,  ハードウェア ,  コンピュータ ,  読取装置
準シソーラス用語： *重亜硫酸塩 ,  *ヌクレオチド配列決定 ,  *ソフトウェアパイプライン ,  次世代シークエンサー ,  品質評価 ,  NIH ,  ファイル【計算機】 ,  実行時間 ,  コンピュータハードウェア

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 重亜硫酸塩 ,  自動分析 ,  並列処理 ,  パイプライン ,  ソフトウェア