NFPscanner:バイオメディカルネットワークの知識ベース解読のためのウエッブツール

XU Wenjian; CAO Yang; XIE Ziwei; HE Haochen; HE Song; HONG Hao; BO Xiaochen; LI Fei

文献

J-GLOBAL ID：201702262386203100 整理番号：17A0896220

NFPscanner:バイオメディカルネットワークの知識ベース解読のためのウエッブツール

NFPscanner: a webtool for knowledge-based deciphering of biomedical networks

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著者 (8件)： , , , , , , ,
資料名：
巻： 18 号： May ページ： 18:262 (WEB ONLY) 発行年： 2017年05月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:多くの生物学的経路は遺伝学的相互作用,代謝反応,遺伝子制御および生理的結合関係のような種々の型の知識を提示するために作製されてきた。生物学者は種々の状況特異的差異分子ネットワークを念入りに構築するために広範囲のオミックスデータを使用する。しかし,経路リソースおよびネットワーク解析のために現在利用可能なツールでは馴染みのない遺伝子ネットワークへの洞察を容易に得ることはできない。生物学者は,複数の生物学的ネットワークの機能を定量的かつ即座に比較するための標準化ツールが開発されればその便益を受けるであろう。結果:この課題に取り組むため,経路関連を用いて遺伝子ネットワークを解読するためのウエッブサーバであるNFPscannerを開発した。最近報告されたネットワークフィンガープリントと呼ばれる知識ベースフレームワークに適合して,NFPscannerは7データベースのアノテートされた経路,4アルゴリズムおよび2グラフィカル可視化モジュールをウエッブツールに統合した。それは次の3タイプのネットワーク解析を実装した:1)Fingerprint:遺伝子ネットワークを解読して固有経路モジュールを明らかにする,2)Alignment:二つの遺伝子ネットワークの間の最適化ノードマッピングの発見により機能的相関を発見する,3)Enrichment:ネットワーク中の遺伝子について,遺伝子オントロジー(GO)と経路エンリッチメントを計算して可視化する。ユーザはウエブインターフェイスを通してNFPscannerに遺伝子ネットワークをアップロードし,インタラクティブにネットワークの機能を検討することができる。結論:NFPscannerは非商用使用のためのオープンソースソフトウェアであり,http://biotech.bmi.ac.cn/nfsにて自由にアクセス可能である。(翻訳著者抄録)

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生物科学研究法一般 , 医用情報処理 , 分子・遺伝情報処理

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