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J-GLOBAL ID：201702263369707679   整理番号：17A0982286

制約された多状態シーケンス設計を用いる核酸反応経路の制御

Constrained Multistate Sequence Design for Nucleic Acid Reaction Pathway Engineering

著者 (6件)： WOLFE Brian R. (California Inst. of Technol., California, USA) ,  PORUBSKY Nicholas J. (California Inst. of Technol., California, USA) ,  ZADEH Joseph N. (California Inst. of Technol., California, USA) ,  DIRKS Robert M. (California Inst. of Technol., California, USA) ,  PIERCE Niles A. (California Inst. of Technol., California, USA) ,  PIERCE Niles A. (Univ. Oxford, Oxford, GBR)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 139  号： 8  ページ： 3134-3144  発行年： 2017年03月01日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 複数の核酸ストランドの配列設計のための計算機アルゴリズムを導いた。反応試剤,中間体,生成物状態に加えて成分間のクロストークを含むターゲット試験管の組について多状態最適化問題を解く。各ターゲット試験管は望むターゲットに適合した錯体の二次構造およびターゲット濃度の組,およびターゲットに適合しない錯体の濃度減少を含む。ターゲット試験管の平衡アンサンブル特性の最適化は合成経路の各段階の明示的記述からなる正の設計パラダイム,および経路外のクロストークに対応するための負の設計パラダイムを含む。配列設計はユーザの目的とする配列の組成条件,相補性条件,パターン阻害条件,生物学的条件を含む。条件により制約された多状態配列は多様な応用における核酸反応経路の設計を容易にし,分子プログラミングおよび生化学的合成への応用が可能である。WEB上のNUPACKアプリケーションプログラムによりオンライン設計を行える。ハイブリダイゼーション連鎖反応(HCR),隔離ゲートを含むBoole演算AND論理,三本腕接合のヘアピン集合を含む自己組織化(CHA),協調的ハイブリダイゼーションゲートをふくむBoole演算AND論理,形状および配列の伝達による条件付きダイサー基質の生成について反応経路設計のケーススタディの結果を例示した。

シソーラス用語： *核酸 ,  *反応経路 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *計算機アルゴリズム ,  中間体 ,  反応生成物 ,  クロストーク ,  *制約付最適化問題 ,  錯体生成 ,  二次構造 ,  化学平衡 ,  シミュレーション ,  解析モデル ,  オンライン処理 ,  *分子ハイブリダイゼーション ,  Boole代数 ,  ヘアピン構造 ,  自己組織化 ,  協同現象 ,  形状効果 ,  RNアーゼ
準シソーラス用語： DNAハイブリダイゼーション ,  アンサンブル・シミュレーション ,  シーケンス設計 ,  ダイサー ,  *塩基配列 ,  協調効果 ,  多状態システム ,  配列制御

分類 (3件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  物理化学一般その他  (CB01030T)

タイトルに関連する用語 (4件)： 制約 ,  シーケンス設計 ,  核酸 ,  反応経路