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J-GLOBAL ID：201702263465144149   整理番号：17A1163958

生態学におけるハイスループットマイクロサテライト遺伝子タイピング:低量と分解したDNAを用いた精度向上,効率,標準化と成功【Powered by NICT】

High-throughput microsatellite genotyping in ecology: improved accuracy, efficiency, standardization and success with low-quantity and degraded DNA

著者 (11件)： De Barba M. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique, F-38000, Grenoble, France) ,  De Barba M. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Universite Grenoble-Alpes, F-38000, Grenoble, France) ,  Miquel C. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique, F-38000, Grenoble, France) ,  Miquel C. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Universite Grenoble-Alpes, F-38000, Grenoble, France) ,  Lobreaux S. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique, F-38000, Grenoble, France) ,  Lobreaux S. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Universite Grenoble-Alpes, F-38000, Grenoble, France) ,  Quenette P. Y. (ONCFS, Equipe Ours, RN 117, F-31800, Villeneuve de Riviere, France) ,  Swenson J. E. (Department of Ecology and Natural Resource Management, Norwegian University of Life Sciences, PO Box 5003, NO-1432, Ås, Norway) ,  Swenson J. E. (Norwegian Institute for Nature Research, NO-7485, Trondheim, Norway) ,  Taberlet P. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique, F-38000, Grenoble, France) ,  Taberlet P. (Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA), Universite Grenoble-Alpes, F-38000, Grenoble, France)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 3  ページ： 492-507  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロサテライトマーカーは,過去20年間の生態学的,進化的および保全研究における主要な役割を演じてきた。しかし,キャピラリー電気泳動の利用と他のマーカーのタイプに影響を与えていることを最近の技術革新に関連する技術的制約はある種の応用のためのマイクロサテライトの継続使用に疑問をもたらした。ハイスループットシーケンシング(HTS)を用いた生態学におけるマイクロサテライト遺伝子型決定を改善するための研究を提示した。このアプローチは,HTSに適した短いマーカーの選択,イルミナプラットフォーム上の配列決定PCR増幅マイクロサテライトと多遺伝子座遺伝子型を得るために配列データの生物情報学的処理を必要とする。HTSはマイクロサテライト配列への直接アクセスを与えるという事実を利用している,明白な対立遺伝子同定を可能にし,バイオインフォマティクスによる遺伝子型決定プロセスの自動化を可能にした。添加では,大規模並列配列決定能をキャピラリー電気泳動をはるかに超えた単一実験の情報内容を拡大する。十三の新しいマイクロサテライトマーカーと性マーカーのマルチプレックスPCRで増幅した遺伝子タイピングヒグマ試料による方法を示した。マイクロサテライトのHTSは正確な個体識別と親子関係割当を提供し,キャピラリー電気泳動と比較して糞便分解DNAとコスト低減の遺伝子タイピングの成功(84%)の顕著な改善をもたらした。HTSアプローチは成功,精度,生態学的及び保存応用におけるマイクロサテライト遺伝子タイピングの効率と標準化,特に低quantity/quality DNAのプロファイリングと遺伝子データベースの構築に依存しているものを改善するための大きな可能性を持っている。野生生物研究で遭遇する課題の観点から方法の実行のための展望を議論した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： キャピラリー電気泳動 ,  *生態学 ,  *標準化 ,  PCR法 ,  自動化 ,  遺伝子型 ,  *DNA【核酸】 ,  野生生物 ,  原価低減
準シソーラス用語： *ハイスループット ,  遺伝子データベース ,  個体識別 ,  バイオインフォマティクス ,  マイクロサテライトマーカー ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 糞便DNA ,  ハイスループット配列決定 ,  個体識別 ,  血統分析 ,  短鎖縦列反復配列(STR) ,  Ursus arctos

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (8件)： 生態 ,  遺伝子タイピング ,  量 ,  分解 ,  DNA ,  精度向上 ,  標準化 ,  成功