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J-GLOBAL ID：201702264657862455   整理番号：17A0989991

DNA metabarcoding配列データの分類学的分類のための一般に使用されているソフトウエアの性能評価と最適化【Powered by NICT】

Evaluating and optimizing the performance of software commonly used for the taxonomic classification of DNA metabarcoding sequence data

著者 (4件)： Richardson Rodney T. (Department of Entomology, The Ohio State University-Ohio Agricultural Research and Development Center, 1680 Madison Ave., Wooster, OH, 44691, USA) ,  Bengtsson-Palme Johan (Department of Infectious Diseases, The Sahlgrenska Academy, University of Gothenburg, Guldhedsgatan 10, Goteborg, SE-413 46, Sweden) ,  Bengtsson-Palme Johan (Centre for Antibiotic Resistance Research (CARe), University of Gothenburg, PO Box 440, SE-405 30, Gothenburg, Sweden) ,  Johnson Reed M. (Department of Entomology, The Ohio State University-Ohio Agricultural Research and Development Center, 1680 Madison Ave., Wooster, OH, 44691, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 17  号： 4  ページ： 760-769  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA配列の分類学的分類は多くの生態学的研究への応用の重要な要素となっているが,強度と一般的に使用される配列分類手法の弱点を評価した研究はほとんどない。さらに,配列分類のための利用可能な方法とソフトウェアは多様である,作用の最良の経過と異なる分類手法を使ってなされたトレードオフを決定しにくいかもしれない環境を形成した。三DNA配列分類器,rdpナイーブベイズ分類器,rtaxとutaxのin silico評価を行った。さらに,結果,両分類器の利点と限界と分類器評価の方法を検討した。比較のこの方法は単純で,ロバストで,種々の研究状況におけるこのような評価を行うための方法論的および概念的基礎を研究者に提供するであろう。一般的に,試験した,配列分類ツールの更なる改良の必要性を示す分類器の精度と感度の間にかなりのトレードオフを見出した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ロバスト性 ,  *性能評価 ,  *DNA【核酸】 ,  *最適化 ,  *ソフトウェア ,  生態学
準シソーラス用語： in silico ,  Bayes分類器 ,  DNA配列 ,  *分類学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： DNAバーコーディング ,  DNA metabarcoding ,  rdpナイーブBayes分類器 ,  rtax ,  分類学的帰属 ,  utax

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： DNA ,  分類 ,  ソフトウエア ,  性能評価 ,  最適化