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J-GLOBAL ID：201702265566970198   整理番号：17A0132686

半希薄溶液の平面伸長流中のDNA動力学の無パラメータ予測

Parameter-free prediction of DNA dynamics in planar extensional flow of semidilute solutions

著者 (4件)： Sasmal Chandi (Department of Chemical Engineering, Monash University, Melbourne, Victoria 3800, Australia) ,  Hsiao Kai-Wen (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, Illinois 61801) ,  Schroeder Charles M. (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, Illinois 61801) ,  Ravi Prakash J. (Department of Chemical Engineering, Monash University, Melbourne, Victoria 3800, Australia)
資料名： Journal of Rheology  (Journal of Rheology)
巻： 61  号： 1  ページ： 169-186  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： D0428A  ISSN： 0148-6055  CODEN： JORHD2  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 平面伸長流を起こす半希薄溶液中の個々のデオキシリボ核酸(DNA)分子の動力学を,DNAに対する粗粒ビーズ-スプリングモデルを背景にして,水力学と排除体積相互作用を合体させた多粒子Brown動力学アルゴリズムを用いてシミュレートした。逐次微粒化プロトコル{P.Santhar及びJ.R.Prakash,Macromolecules 38,617-640(2005);R.Prabhakarら,同誌48,1251-1278(2004)}を使って,Weissenberg数及びHenkey応力単位範囲での無パラメータ予測を得た。その際,使用したシミュレーションデータは増大したビーズ数N_b値をもつビーズ-スプリング鎖に対してDNA中のKuhnステップ数N_Kへと外挿(主な物理パラメータは不変に保ち)して獲得されたものである。シミュレーション予測の系統的比較を,最近単分子技術を用いて平面延伸流中のλファージDNAの希薄及び半希薄溶液の動力学を調べたHsiaoら{同誌(印刷中)}の実験的観測に対して行った。特に,彼らは,ステップ歪変形と続く流動中断に対する個々の鎖の応答を調べ,単一実験で鎖延伸と緩和の双方を捕えた。逐次微粒化技術は,延伸及び緩和相で実験的観察の定量的に正確な予測をもたらすことが分かった。加えて,ステップ歪変形後の過渡鎖延伸は半希薄溶液中では希薄溶液中より大変小さいと予測し,実験的観察と良く合致した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *希薄溶液 ,  *DNA【核酸】 ,  *伸長流 ,  Brown運動 ,  多体問題 ,  *分子動力学 ,  *計算機シミュレーション ,  λファージ ,  *水力学 ,  モデリング ,  *排除体積効果 ,  高分子鎖 ,  微粒化 ,  逐次分析 ,  延伸 ,  緩和現象 ,  *予測モデル
準シソーラス用語： λファージDNA

分類 (3件)： 流体の実験・試験・測定方法及び装置  (BC01020K) ,  不均質流  (BC02060J) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 希薄溶液 ,  伸長流 ,  DNA ,  動力学 ,  パラメータ予測