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J-GLOBAL ID：201702265698876372   整理番号：17A1718744

Solexa配列決定を介したリンゴ台木における新しい根の2種類のゲノム発現プロファイル解析【Powered by NICT】

Genome expression profile analysis of two types of new roots in apple rootstock via Solexa sequencing

著者 (7件)： Guo Cheng (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China) ,  Ge Hongjuan (Qingdao Agriculture Academy, Qingdao, Shandong 266100, PR China) ,  Liu Iin (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China) ,  Guo Yarong (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China) ,  Ge Bingkun (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China) ,  Jiang Zesheng (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China) ,  Zhang Shizhong (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Taian, Shandong 271018, PR China)
資料名： Plant Gene  (Plant Gene)
巻： 12  ページ： 105-113  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3471A  ISSN： 2352-4073  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 現在,新根の初期発生に関与する分子調節機構は,リンゴでは殆ど知られていない。その開発と関連していることをトランスクリプトーム動力学への洞察を得るために,全ゲノム遺伝子発現プロファイリングは,Solexa配列決定により行った。五百万以上のタグは二型新根,長い根と短い根,二図書館における5,913,044と6,236,711クリーンタグを含むからそれぞれ生成した。これらのうち,44,513(26.61%)と43,117(20.02%)タグは参照遺伝子と一致した。FDR≦0.001とlog2Ratio≧1の最も異なって発現するタグをさらに分析し,815のアップレギュレート及び831のダウンレギュレートされた遺伝子を示した,未知転写物は例外であった。これらの遺伝子は,二次代謝産物,植物-病原体相互作用,植物ホルモンシグナル伝達,フェニルプロパノイド生合成,リボソームとフラボノイド生合成の生合成に参加した。ほとんどの遺伝子は細胞部分関数(82.7%),触媒活性(71.1%),イオン結合(59.2%)と膜転写(24.5%)で同定された,などであった。次に,20遺伝子の発現パターンを定量的リアルタイムPCRにより評価し,得られた結果は,Solexa解析と一般的な一致を示した。視覚データベースは結果のブラウジングと,質問するために構築し,Webサイトであるhttp://www.applegene.org/deg/。結論として,筆者らは最初にリンゴ新根の初期発生の間のトランスクリプトームの複雑な変化を明らかにし,理解するその分子調節に必須であることをデータの包括的セットを提供した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 二次代謝産物 ,  データベース ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  相互作用 ,  フラボノイド ,  病原体 ,  植物ホルモン ,  *ゲノム ,  生合成
準シソーラス用語： 定量的リアルタイムPCR法 ,  フェニルプロパノイド ,  参照遺伝子 ,  初期胚発生 ,  *遺伝子発現プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 根 ,  差次的発現 ,  リンゴ ,  Solexa配列決定 ,  タグ

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  果樹  (FC03042G)

タイトルに関連する用語 (6件)： リンゴ ,  台木 ,  根 ,  ゲノム ,  発現プロファイル ,  解析