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J-GLOBAL ID：201702265844828244   整理番号：17A0412778

ペプチド検索戦略は同定の信頼を損なうことなく定量的性能の大幅な改善を可能にする【Powered by NICT】

A peptide-retrieval strategy enables significant improvement of quantitative performance without compromising confidence of identification

著者 (8件)： Tu Chengjian (Department of Pharmaceutical Sciences, State University of New York at Buffalo, 285 Kapoor Hall, Buffalo, NY 14260, United States) ,  Tu Chengjian (New York State Center of Excellence in Bioinformatics and Life Sciences, 701 Ellicott Street, Buffalo, NY 14203, United States) ,  Shen Shichen (Department of Pharmaceutical Sciences, State University of New York at Buffalo, 285 Kapoor Hall, Buffalo, NY 14260, United States) ,  Shen Shichen (New York State Center of Excellence in Bioinformatics and Life Sciences, 701 Ellicott Street, Buffalo, NY 14203, United States) ,  Sheng Quanhu (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University School of Medicine, 2220 Pierce Avenue, Nashville, TN 37232, United States) ,  Shyr Yu (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University School of Medicine, 2220 Pierce Avenue, Nashville, TN 37232, United States) ,  Qu Jun (Department of Pharmaceutical Sciences, State University of New York at Buffalo, 285 Kapoor Hall, Buffalo, NY 14260, United States) ,  Qu Jun (New York State Center of Excellence in Bioinformatics and Life Sciences, 701 Ellicott Street, Buffalo, NY 14203, United States)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 152  ページ： 276-282  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 複雑なプロテオームにおける低存在量蛋白質の信頼できる定量を同定スペクトル/ペプチドの限られた数のために大きく困難な課題である。本研究では,以前に標準ターゲットデコイ探索戦略を用いてろ過した以下確信ペプチドを検索戦略による蛋白質の定量的正確さと精度を改善するための簡単な方法を開発した。確信を持って同定された蛋白質に整合したフィルタされたMS/MSスペクトルを回収した,ペプチドスペクトルマッチFDRはFDR≦1%の信頼レベルで再計算と制御されたが,蛋白質FDRは約1%を維持した。スペクトル数とイオン電流ベース両方法でこの戦略の性能を評価した。>全定量化スペクトル/ペプチドの60%の増加は,それぞれspike in試料セットとCPTACからの公共データセットを解析のために実施した。ペプチド検索戦略を組み込む有意に定量的な正確度と精度,特に低濃度蛋白質(例えばワンヒット蛋白質)を改善した。さらに,有意に変化した蛋白質を発見する確信の容量も実質的に増強された,二spike inデータセットから明らかになった。要約では,改良された定量的性能は,蛋白質同定の信頼性,無標識または標識法を含む定量的プロテオミクス技術の広い範囲で容易に実行することができるを損なうことなくこのペプチド回収戦略により達成された。,確信ペプチドを含む,蛋白質の定量可能なスペクトルとペプチドは変動を低減し,蛋白質定量化を改善することを仮定した。ペプチド検索戦略は二MS1およびMS2ベースの定量的アプローチを用いて,種々のLC-MS/MS変化試料セットスパイクインを開発し,評価した。標準ターゲットデコイ探索戦略を用いて確信を持って同定された蛋白質のリストを固定し,より信頼性のある蛋白質に整合した信頼度は低いとスペクトル/ペプチドを検索した。しかし,検索解析後の全ペプチドスペクトルマッチ偽発見率(PSM FDR)はFDR≦1%の信頼レベルで制御した。予想されたように,時折誤ったペプチド同定を組み込むためのペナルティは,定量的性能の改善と比較して無視できる。より定量化可能なペプチド,低い欠測値速度,良好な定量的正確度と精度は,この簡単な戦略による同じ蛋白質を同定するための達成した。この戦略はプロテオミクスの定量的アプローチに適用できる理論的に,より定量的な情報,特に低濃度蛋白質を提供する。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： プロテオーム ,  プロテオミクス ,  タンパク質 ,  質量スペクトル ,  ペナルティ ,  標識法 ,  スペクトル ,  信頼度 ,  イオン電流 ,  *ペプチド
準シソーラス用語： 低濃度 ,  LC/MS/MS ,  蛋白質定量 ,  定量的プロテオミクス ,  無標識 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： MS1ベース定量化 ,  ペプチド検索戦略 ,  スペクトル計数

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： ペプチド ,  検索 ,  戦略 ,  同定 ,  信頼 ,  定量