文献

J-GLOBAL ID：201702267110020467   整理番号：17A0307029

RNA結合ポケットの構造アラインメントベースの分類は蛋白質表面上の局所的RNA認識モチーフを明らかにする

Structure alignment-based classification of RNA-binding pockets reveals regional RNA recognition motifs on protein surfaces

著者 (9件)： LIU Zhi-Ping (Shandong Univ.) ,  LIU Shutang (Shandong Univ.) ,  CHEN Ruitang (Shandong Univ.) ,  HUANG Xiaopeng (Acad. of Mathematics and Systems Sci., Chinese Acad. of Sci.) ,  HUANG Xiaopeng (National Center for Mathematics and Interdisciplinary Sci., Chinese Acad. of Sci.) ,  HUANG Xiaopeng (Univ. Chinese Acad. of Sci.) ,  WU Ling-Yun (Acad. of Mathematics and Systems Sci., Chinese Acad. of Sci.) ,  WU Ling-Yun (National Center for Mathematics and Interdisciplinary Sci., Chinese Acad. of Sci.) ,  WU Ling-Yun (Univ. Chinese Acad. of Sci.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Jan  ページ： 18:27 (WEB ONLY)  発行年： 2017年01月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多くの決定的生物学的プロセスは,蛋白質-RNA相互作用に強く関連付けられている。RNA結合のための蛋白質構造モチーフを明らかにすることは,蛋白質-RNA認識機構を解読するための価値ある情報を提供し,生体工学における包括的構造設計に役立つ。RNA結合イベントは,蛋白質表面上のポケットで通常起こる。局所結合ポケットの構造的分類は,RNA認識の主要パターンを決定する。結果:本研究では,構造アラインメントベースの方法を経由した局所的蛋白質表面上のポケット形状における蛋白質-RNA結合部位の構造的モチーフを体系的に特定するための新規枠組みを開発した。局所的構造アラインメントのための非順序構造アラインメントに基づくRNA結合ポケットの類似性ネットワークを先ず構築した。ネットワークコミュニティ分解を用いることにより,蛋白質表面上のRNA結合ポケットを,構造的類似性を持つグループにクラスタ化した。複数の構造アラインメント戦略を用いて,各グループにおけるコンセンサスRNA結合ポケットを特定した。決定的認識パターンとともに蛋白質-RNA結合モチーフを特定し,分析した。結論:構造的類似性を測定することにより,蛋白質表面上の大規模RNA結合ポケットをグループ化した。この類似性ネットワークベースの枠組みは,機能ポケットの構造的関連性をモデリングするための便利な方法を提供する。特定した局所的構造パターンは,蛋白質表面上のRNAによる認識のための構造的モチーフとして役立つ。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  *結合部位 ,  アラインメント ,  タンパク質核酸複合体 ,  *分子間相互作用 ,  分子認識 ,  *類似性 ,  クラスタ化 ,  コミュニティ ,  ヌクレオチド配列 ,  *RNA結合タンパク質 ,  極値解析
準シソーラス用語： *結合ポケット ,  *RNA認識モチーフ ,  *蛋白質-核酸相互作用 ,  *構造的類似性 ,  ネットワークコミュニティ ,  コンセンサス配列 ,  RNA結合蛋白

分類 (5件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  生物学的機能  (EB04020F) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA結合 ,  アラインメント ,  分類 ,  蛋白質 ,  RNA認識モチーフ