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J-GLOBAL ID：201702267297992539   整理番号：17A1402490

rMFilter キメラリードフィルタリングによる長いリードに基づく構造変化コーリングの促進

rMFilter: acceleration of long read-based structure variation calling by chimeric read filtering

著者 (5件)： LIU Bo (Harbin Inst. Technol., Heilongjiang, CHN) ,  JIANG Tao (Harbin Inst. Technol., Heilongjiang, CHN) ,  YIU S. M. (Univ. Hong Kong, Hong Kong, CHN) ,  LI Junyi (Harbin Inst. Technol., Heilongjiang, CHN) ,  WANG Yadong (Harbin Inst. Technol., Heilongjiang, CHN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 17  ページ： 2750-2752  発行年： 2017年09月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Single Molecule Real-Time(SMRT)シーケンシングのような長いリードシーケンシング技術はゲノム構造変化(SV)研究のためになるが,そのような研究は計算集中的な,ノイズの多い長いリードの整列化に依拠する。本稿では,局所的ゲノム領域内の短いトークンマッチに基づき,ノイズが多く長いキメラリードを効率良く確実にするための局所領域マッチに基づくフィルター(rMFilter)を紹介する。rMFilterのC++ソースコードは,https://github.com/hitbc/rMFilterにて入手可能である。

シソーラス用語： *フィルタリング ,  *遺伝子多型 ,  *C++言語 ,  遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： *データフィルタリング ,  *ゲノム構造変化 ,  C++ ,  *キメラリード ,  次世代シーケンシング

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (2件)： リード ,  促進