CellShape:内部細菌細胞工場の定量的可視化のためのユーザフレンドリーな画像解析ツール【Powered by NICT】

Goni-Moreno Angel; Kim Juhyun; de Lorenzo Victor

文献

J-GLOBAL ID：201702268145575650 整理番号：17A1120282

CellShape:内部細菌細胞工場の定量的可視化のためのユーザフレンドリーな画像解析ツール【Powered by NICT】

CellShape: A user-friendly image analysis tool for quantitative visualization of bacterial cell factories inside

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資料名：
巻： 12 号： 2 ページ： null 発行年： 2017年
JST資料番号： W2514A ISSN： 1860-6768 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

生バイオ触媒として実行しながら個々の細菌の細胞内成分の可視化は多かれ少なかれ洗練された蛍光顕微鏡によって原理的にdoableである。残念なことに,得られた画像に表現された豊富なデータの厳密な定量は,ソフトウェア再利用を妨げることを認可を受けることが多いコミュニティLETのみに拡張されているないことを生物情報学的ツールを必要とする。これに関連して,CellShape,単一細胞に由来する蛍光信号の定量化のためのサブピクセル精度と二重閾値セグメンテーションシステムによる画像解析のためのユーザフレンドリなプラットフォームを開発した。CellShapeはPython,広範な地域支援による遊離,オープンソースプログラミング言語でコード化されて完全にした。開発者に対して,CellShapeは既存のPythonモジュールにアクセスして使用するため界面として作用することにより,拡張性(ソフトウェア改善の容易性)を増加させた。エンドユーザのための,CellShapeを導入することなく開くにスタンドアロン実行可能ファイルを提示した。このプラットフォームは産業用プラットフォーム株Pseudomonas putida KT2440の個々の細胞における遺伝子発現流(DNA,RNAポリメラーゼ,mRNA及びリボソーム蛋白質)の成分の三次元分布を前例のない詳細に解析するために採用した。CellShape最初放出版(v0)は容易に操作が,利用者や開発者はさらにプラットフォームを拡大するようになった。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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著者キーワード (5件)： , , , ,

医用画像処理 , 図形・画像処理一般 , 生体の顕微鏡観察法

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