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J-GLOBAL ID：201702268383789121   整理番号：17A1325991

本論文では,SSR特性解析とEST-SSRマーカーの開発について述べた。【JST・京大機械翻訳】

Characterization of SSRs and development of EST-SSR markers in transcriptome of Xanthoceras sorbifolia Bunge

著者 (5件)： Liu Yulin (西北農林科技大学林学院,陜西楊凌712100;北京林業大学生物科学与技術学院,北京100083) ,  Li Wei (北京林業大学生物科学与技術学院,北京,100083) ,  Dong Shubin (北京林業大学自然保護区学院,北京,100083) ,  Mu Xianyun (北京林業大学自然保護区学院,北京,100083) ,  Zhang Zhixiang (北京林業大学自然保護区学院,北京,100083)
資料名： Xibei Nonglin Keji Daxue Xuebao(Zirankexueban)  (Xibei Nonglin Keji Daxue Xuebao(Zirankexueban))
巻： 45  号： 3  ページ： 89-95  発行年： 2017年 
JST資料番号： C5021A  ISSN： 1671-9387  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】本研究の目的は,高スループット配列決定技術を用いて,遺伝子座の分布と特性を分析し,EST-SSRマーカーを設計し,遺伝的多様性解析のためのマーカーを提供することである。【方法】MISAソフトウェアを用いて,15867のunigenesにおけるSSR(2~6bp)遺伝子座をスクリーニングし,SSR遺伝子座の分布特性,発生頻度および平均分布距離を統計的に分析した。60のEST-SSRマーカーをPrime 3オンラインソフトウェアを用いて設計し,7つの省の16の論文により設計されたマーカーを多形スクリーニングした。それらの対立遺伝子(NA),ヘテロ接合性(HO),期待ヘテロ接合性(HE),多型情報量(PIC)などのデータを,Popgene32ソフトウェアによって分析した。【結果】6つの707のSSR遺伝子座をスクリーニングし,その平均発生頻度は12.93%,平均分布距離は5.38kb,平均長さは17.30bpであった。そのうち、2、3ヌクレオチド反復ユニットの発生頻度はそれぞれ6.24%と4.93%であった。設計された60対のマーカーのうち47対は標的断片長と一致する産物を増幅し、その中の14対多型は比較的高く、52個の対立遺伝子が増幅され、HoとHEはそれぞれ0~0.813と0.353~0.762、PICは0.283~0.701であった。[結論]2,3ヌクレオチド反復を主とするSSR反復ユニットがあることが示されたことが示されたことが示唆された(P<0.01)。新しく開発された14EST-SSRマーカーは,遺伝資源の多様性解析のための標識資源として用いることができた。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝資源 ,  情報量 ,  スクリーニング ,  *性能分析 ,  ヌクレオチド ,  ソフトウェア ,  対立遺伝子 ,  布特性
準シソーラス用語： ヘテロ接合性 ,  発生頻度 ,  遺伝多様性 ,  ハイスループット ,  *EST-SSR , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Xanthoceras sorbifolia ,  transcriptome ,  EST-SSR markers ,  polymorphic analysis

分類 (4件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  麦  (FC03033M) ,  植物分類学  (EH01030N) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 論文 ,  SSR ,  特性解析 ,  開発