文献

J-GLOBAL ID：201702268972003658   整理番号：17A1971004

分子動力学シミュレーションとローカルネットワークエントロピーによって明らかにされた溶媒和H Ras/GTPの構造転移【Powered by NICT】

Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy

著者 (10件)： Matsunaga Shota (Department of Computational Science, Graduate School of System Informatics, Kobe University, 1-1 Rokkodai-cho, Nada-ku, Kobe 657-8501, Japan) ,  Hano Yuta (Department of Computational Science, Graduate School of System Informatics, Kobe University, 1-1 Rokkodai-cho, Nada-ku, Kobe 657-8501, Japan) ,  Saito Yuta (Department of Computational Science, Graduate School of System Informatics, Kobe University, 1-1 Rokkodai-cho, Nada-ku, Kobe 657-8501, Japan) ,  Fujimoto Kazuhiro J. (Faculty of Pharmaceutical Sciences, Hokuriku University, Ho-3 Kanagawa-machi, Kanazawa 920-1181, Japan) ,  Kumasaka Takashi (Protein Crystal Analysis Division, Japan Synchrotron Radiation Research Institute (JASRI), SPring-8, 1-1-1 Kouto, Sayo-cho, Sayo-gun, Hyogo 679-5198, Japan) ,  Matsumoto Shigeyuki (Division of Molecular Biology, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Medicine, Kobe University, 7-5-1 Kusunoki-cho, Chuo-ku, Kobe 650-0017, Japan) ,  Kataoka Tohru (Division of Molecular Biology, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Medicine, Kobe University, 7-5-1 Kusunoki-cho, Chuo-ku, Kobe 650-0017, Japan) ,  Shima Fumi (Division of Molecular Biology, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Medicine, Kobe University, 7-5-1 Kusunoki-cho, Chuo-ku, Kobe 650-0017, Japan) ,  Shima Fumi (Drug Discovery Science, Division of Advanced Medical Science, Department of Science, Technology and Innovation, Graduate School of Science, Technology and Innovation, Kobe University, 7-5-1 Kusunoki-cho, Chuo-ku, Kobe 650-0017, Japan) ,  Tanaka Shigenori (Department of Computational Science, Graduate School of System Informatics, Kobe University, 1-1 Rokkodai-cho, Nada-ku, Kobe 657-8501, Japan)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 77  ページ： 51-63  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GTPと溶媒和H-Ras蛋白質の状態転移を,分子動力学(MD)シミュレーションにより理論的に解析した。二スイッチ領域(IおよびII)の位置に関連した構造変化を加速するために,並列カスケード選択MD(PaCS MD)法を本研究で採用した。状態1と状態2の間の相互変換は原子詳細に調べ,抗癌剤としてのRas阻害剤の開発に必須であることを転移機構に関する実験的観察とその結果としてのシナリオと合理的な一致をもたらした。さらに,状態遷移ベースローカルネットワークエントロピー(SNE)は状態1から状態2への遷移過程について計算した,水和水分子からなる水素結合ネットワークの動的挙動に関連した情報エントロピーの時間発展を述べた。SNEの計算結果は,非平衡統計熱力学の観点からの溶媒和Ras蛋白質系(と恐らくより一般的なシステム)の動的状態遷移を検出するための良好な指標を提供することを証明した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 非平衡状態 ,  *溶媒和 ,  相互変換 ,  統計力学 ,  *Rasタンパク質 ,  抗腫瘍薬 ,  *構造相転移 ,  *分子動力学 ,  *計算機シミュレーション ,  時間発展 ,  計算
準シソーラス用語： 水和水 ,  状態遷移 ,  構造変化 ,  *H-Ras ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Ras ,  分子スイッチ ,  構造転移 ,  分子動力学 ,  状態遷移ベースローカルネットワークエントロピー

分類 (3件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学シミュレーション ,  エントロピー ,  溶媒和 ,  Ras ,  GTP ,  構造転移