文献

J-GLOBAL ID：201702269101829163   整理番号：17A1500632

NoRMCorre:カルシウムイメージングデータの区分的剛体運動補正のためのオンラインアルゴリズム【Powered by NICT】

NoRMCorre: An online algorithm for piecewise rigid motion correction of calcium imaging data

著者 (2件)： Pnevmatikakis Eftychios A. (Center for Computational Biology, Flatiron Institute, Simons Foundation, New York, NY 10010, USA) ,  Giovannucci Andrea (Center for Computational Biology, Flatiron Institute, Simons Foundation, New York, NY 10010, USA)
資料名： Journal of Neuroscience Methods  (Journal of Neuroscience Methods)
巻： 291  ページ： 83-94  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1129A  ISSN： 0165-0270  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 運動補正カルシウムイメージングデータ配列の解析パイプラインにおける初期発生する挑戦的な前処理問題である。二光子顕微鏡記録における運動アーチファクトは,ラスタ走査の有限時間と脳中の不均一変形から生じる非剛体であることができる。テンプレートマッチングに基づく高速非剛体動き補正(NoRMCorre)のためのアルゴリズムを導入した。NoRMCorreは視野(FOV)を分割する全方向に沿った重畳した空間的パッチに動作する。パッチは定期的に更新されたテンプレートに対する剛体翻訳のためのサブピクセル分解能で記録した。推定された配列は続いて区分的固定された様式で非剛体アーチファクトを効果的に近似できることを各フレームのための滑らかな動き場を作るまでサンプリングされた。既存のアプローチは,計算性能の観点から十分にスケールしないまたはラスタ走査の有限速度から生じる非剛体アーチファクトを標的とし,大きいFOVからのデータセットにおける観測可能な非剛体運動を補正できない。NoRMCorreはストリーミングデータのと同等か実時間運動よりも速く登録により,オンラインモードで実行することができる。簡単で直感的な計量とその性能を評価し,シミュレートしたデータおよびin vivo二光子カルシウムイメージングデータセット上でその他の非剛体レジストレーション法と比較した。オープンソースは,MatlabとPythonコードも利用可能である。提案した方法とそれに伴うコードをカルシウムイメージング,特に非剛体変形の存在下で大規模画像レジストレーション問題を解くための有用である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 分解能 ,  *剛体 ,  高速度 ,  前処理 ,  *動き補償 ,  画像 ,  *アルゴリズム ,  アーチファクト
準シソーラス用語： *カルシウムイメージング ,  MATLAB ,  実時間 ,  *剛体運動 ,  テンプレートマッチング ,  非剛体 ,  ラスタースキャン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： カルシウムイメージング ,  運動補正 ,  画像レジストレーション

分類 (2件)： パターン認識  (JE07000S) ,  医用画像処理  (JE04020T)

タイトルに関連する用語 (3件)： カルシウムイメージング ,  剛体運動 ,  オンラインアルゴリズム