文献

J-GLOBAL ID：201702269164561520   整理番号：17A1402493

KMC 3 k-mer統計を計数し操作する

KMC 3: counting and manipulating k-mer statistics

著者 (3件)： KOKOT Marek (Silesian Univ. Technol., Gliwice, POL) ,  DLUGOSZ Maciej (Silesian Univ. Technol., Gliwice, POL) ,  DEOROWICZ Sebastian (Silesian Univ. Technol., Gliwice, POL)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 17  ページ： 2759-2761  発行年： 2017年09月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： デノボアセンブリ,リードの訂正,リードの検出,ゲノムの比較といったゲノムシーケンシングに関連する多くのアプリケーションにおいて,最初の段階はk-mer計数である。本稿では,k-merデータベースの操作のためのKMCと共に,以前のKMC2アルゴリズムの改良版であり,メモリーをより節約しずっと高速であるKMC3を紹介する。KMC3は,http://sun.aei.polsl.pl/REFRESH/kmcにて利用可能である。

シソーラス用語： *高速化 ,  *データベース ,  計測 ,  *アルゴリズム ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： *k-merデータベース ,  *計数 ,  *次世代シーケンシング

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 統計 ,  計数