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J-GLOBAL ID：201702269527781104   整理番号：17A1057689

銅曝露に対するIsidorella newcombiの応答:RNA seq分析からのトランスクリプトーム応答を解釈するための総合的生物学的フレームワークの使用【Powered by NICT】

The response of Isidorella newcombi to copper exposure: Using an integrated biological framework to interpret transcriptomic responses from RNA-seq analysis

著者 (8件)： Ubrihien Rodney P. (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia) ,  Ezaz Tariq (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia) ,  Taylor Anne M. (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia) ,  Stevens Mark M. (NSW Department of Primary Industries, Yanco Agricultural Institute, Private Mail Bag, Yanco, NSW, 2703, Australia) ,  Stevens Mark M. (Graham Centre for Agricultural Innovation (NSW Department of Primary Industries and Charles Sturt University), Australia) ,  Krikowa Frank (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia) ,  Foster Simon (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia) ,  Maher William A. (Ecochemistry Laboratory, Institute for Applied Ecology, University of Canberra, Canberra, ACT, 2601, Australia)
資料名： Aquatic Toxicology  (Aquatic Toxicology)
巻： 185  ページ： 183-192  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0823B  ISSN： 0166-445X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,3日間80±1μg/Lの銅に曝露したオーストラリア固有種淡水腹足類Isidorella newcombiのトランスクリプトーム応答を述べた。銅組織濃度,リソソーム膜不安定化とRNA-seqの解析を行った。銅組織濃度は,銅がカタツムリの生体内に蓄積したことを確認した。銅曝露マキガイにおける増加したリソソーム膜不安定化は,マキガイが曝露の結果としてストレスを与えたことを示した。銅組織濃度とリソソーム不安定化の両方が銅に曝露した巻貝で有意に大きかった。生態毒性学的観点からのRNA-seqデータを解釈するために総合的生物学的応答モデルは銅輸送と貯蔵,生存機構及び細胞死と関連するものへのトランスクリプトーム応答をグループ化を開発した。銅曝露に起因する予想されるトランスクリプトームの変化の概念モデルをトランスクリプトーム応答を評価するための基礎として開発した。トランスクリプトーム変化は総合的生物学的応答モデルの全ての三レベルで明らかであった。欠く統計的重要性にもかかわらず,遺伝子をコードする銅輸送ATPアーゼの発現増加は銅の増加した内部輸送の指標を提供した。エンドサイトーシスに関連した遺伝子の発現増加は,解毒された形で貯蔵のためのリソソームへの銅の輸送増加と関連している。生存機構は細胞修復とリサイクルに関連する代謝低下とプロセスを含んでいた。銅曝露生物におけるアポトーシスによる細胞死の増加のトランスクリプトーム証拠であった。アポトーシス増加は銅曝露マキガイにおけるリソソーム膜不安定化の増加によって支持された。アポトーシス,食作用,蛋白質分解とリソソームに関連したトランスクリプトーム変化が明らかであった,これらの過程はアポトーシス後デブリの分解に関連していることができる。研究は汚染物質特異的トランスクリプトームマーカーだけでなく,一般的なストレスのマーカーを同定した。生態毒性学的観点から,銅輸送,生存及び細胞死と関連するものへのトランスクリプトーム応答を分類するためのフレームワークの使用は,RNA-seqデータの解釈の複雑な過程を支援した。生態毒性学研究におけるそのようなフレームワークの広範な採用は研究間の比較と汚染物質曝露と応答の信頼性のあるトランスクリプトームマーカーの同定の助けとなるであろう。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： タンパク質分解 ,  組織中濃度 ,  汚染物質 ,  遺伝子 ,  リソソーム ,  *銅 ,  アポトーシス ,  淡水 ,  ATPアーゼ ,  *トランスクリプトーム ,  遺伝子発現 ,  オーストラリア連邦
準シソーラス用語： マキガイ ,  *RNA-seq ,  不安定化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Bioaccumulation ,  遺伝子発現 ,  軟体動物 ,  腹足類 ,  リソソーム膜不安定化

分類 (2件)： 動物に対する影響  (EE05040R) ,  その他の汚染原因物質  (SB05040W)

タイトルに関連する用語 (8件)： 銅 ,  曝露 ,  応答 ,  RNA ,  分析 ,  トランスクリプトーム ,  生物学 ,  フレームワーク