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J-GLOBAL ID：201702269895956186   整理番号：17A1536390

RNA中の単一隆起に対する非対称メゾスコピックモデル

An asymmetric mesoscopic model for single bulges in RNA

著者 (2件)： de Oliveira Martins Erik (Departamento de Fisica, Universidade Federal de Minas Gerais, 31270-901 Belo Horizonte, MG, Brazil) ,  Weber Gerald (Departamento de Fisica, Universidade Federal de Minas Gerais, 31270-901 Belo Horizonte, MG, Brazil)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 147  号： 15  ページ： 155102-155102-8  発行年： 2017年10月21日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単純な1次元DNAまたはRNAメゾスコピックモデルは,分子相互作用の重要な要素を保持する計算効率に関心がもたれる。しかし,これは,完全に形成されたDNAまたはRNA二重螺旋のみを扱い,連鎖内相互作用は両方の鎖上で同じであると考える。これは,膨張やループなどの高度に非対称な構造の説明を困難にし,例えば,RNA二次構造を決定するためのメゾスコピックモデルの適用を妨げる。ここでは,これらの制約を克服するためのPeyrard-Bishopメゾスコピックモデルの条件を導出して,これらの非対称構造の最小で最も単純な単一膨張の計算に適用した。これらの理論的条件が,積層非対称性を考慮する必要があるあらゆる状況に実際に適用できることを見出した。グループI RNA膨張のパラメータの完全セットを,最適化手順を用いて実験的融点から決定し,いくつかのRNA配列の平均開口プロファイルも算出した。グアノシン膨張は,それらの隣接塩基対に最も強い摂動を示し,それらの隣接塩基対のオンサイト相互作用を著しく減少させることを見出した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *隆起 ,  *メソスコピック系 ,  *モデル ,  DNA【核酸】 ,  分子間相互作用 ,  構造 ,  融点 ,  塩基対 ,  二重螺旋 ,  効率 ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： 分子相互作用 ,  非対称構造 ,  計算効率

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： グアノシン

タイトルに関連する用語 (3件)： RNA ,  隆起 ,  非対称