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J-GLOBAL ID：201702270094577804   整理番号：17A0991738

BioPAXViz:代謝経路進化の視覚的探索のためのCytoscapeアプリケーション

BioPAXViz: a cytoscape application for the visual exploration of metabolic pathway evolution

著者 (6件)： PSOMOPOULOS Fotis E. (Center for Res. & Technol. Hellas (CERTH), Thessalonica, GRC) ,  VITSIOS Dimitrios M. (Center for Res. & Technol. Hellas (CERTH), Thessalonica, GRC) ,  VITSIOS Dimitrios M. (European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  BAICHOO Shakuntala (Univ. Mauritius, Mauritius) ,  OUZOUNIS Christos A. (Center for Res. & Technol. Hellas (CERTH), Thessalonica, GRC) ,  OUZOUNIS Christos A. (Univ. Toronto, Ontario, CAN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 33  号： 9  ページ： 1418-1420  発行年： 2017年05月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 代謝経路とそれらの多様な進化により,生物は新しい生合成経路の発見と同様に,環境から栄養源を獲得することが可能となってきた。著者らは,多様な種のコレクションをゲノム比較する観点から,代謝経路の比較分析と可視化に取り組んできた,そして著者らが開発した,それに対応する新規CytoscapeアプリケーションBioPAXVizについて紹介する。BioPAXVizは,代謝経路の可視化のための包括的なフレームワークを提供するCytoscape(バージョン3)アプリケーションである。BioPAXVizが提供する主要な新規機能は,基本的な解析,表示および閲覧の役割以外にも,系統を考慮した事前計算した経路系統プロファイルにわたる代謝経路トポロジーの視覚的比較分析をする。さらに,BioPAXVizは階層ツリーの表示をサポートしているため,単一の参照経路のバリアントセットを介して,効率的にナビゲートできる。したがって,BioPAXVizは,代謝経路の進化およびエンジニアリング研究を容易にし,それに貢献することができる。

シソーラス用語： *ソフトウェア ,  可視化 ,  ネットワーク ,  *代謝経路 ,  *生物進化 ,  *応用プログラム ,  ゲノム ,  位相幾何学 ,  システム ,  系統樹
準シソーラス用語： BioPAXViz ,  *Cytoscape ,  *アプリケーション ,  オープンソースソフトウェア ,  オープンソフトウエア ,  トポロジー ,  ネットワーク可視化 ,  系統 ,  *進化【生物】

分類 (4件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  代謝一般  (EB02030C) ,  計算機ソフトウエア一般  (JD01010K) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (4件)： 代謝経路 ,  進化 ,  視覚的探索 ,  アプリケーション