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J-GLOBAL ID：201702274308358266   整理番号：17A1093422

相互運用性のためのGelJの拡張:優性マーカーを用いた集団遺伝学解析のためのバイオインフォマティックス資源における充填ギャップ【Powered by NICT】

Extending GelJ for interoperability: Filling the gap in the bioinformatics resources for population genetics analysis with dominant markers

著者 (6件)： Dominguez Cesar (Department of Mathematics and Computer Science, University of La Rioja, Logrono, Spain) ,  Heras Jonathan (Department of Mathematics and Computer Science, University of La Rioja, Logrono, Spain) ,  Mata Eloy (Department of Mathematics and Computer Science, University of La Rioja, Logrono, Spain) ,  Pascual Vico (Department of Mathematics and Computer Science, University of La Rioja, Logrono, Spain) ,  Vazquez-Garciduenas Maria Soledad (Division of Postgraduate Studies, Faculty of Medical and Biological Sciences “Dr. Ignacio Chavez”, Universidad Michoacana de San Nicolas de Hidalgo, Mexico) ,  Vazquez-Marrufo Gerardo (Multidisciplinary Center of Biotechnology Studies (CMEB), Faculty of Veterinary Medicine, Universidad Michoacana de San Nicolas de Hidalgo, Mexico)
資料名： Computer Methods and Programs in Biomedicine  (Computer Methods and Programs in Biomedicine)
巻： 140  ページ： 69-76  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0213C  ISSN： 0169-2607  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アイルランド (IRL)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景と目的集団遺伝学分析のためのツールの入力への主要なマーカーのDNAフィンガープリントの手動変換は時間がかかり誤りやすいタスクがある;研究者は多数の試料を検討した。添加では,研究者は集団遺伝学分析のためのいくつかのツールを使用する必要がある場合,状況はツールのデータフォーマットの不和合性に起因する悪化させる。本研究の目的は,ゲル画像のバンドパターンから,自動化集団遺伝学解析を行っツールの大きな多様性のための入力発生である。【方法】は優性マーカーと集団遺伝学分析のためのツールの徹底的な分析,と系統樹で作動するためのツール後;はこれらのシステムの入力要求を検出した。系統樹に特化したプログラムの場合,ニューウィックとNexusフォーマットが広く採用されておりが,各集団遺伝学解析ツールは,触媒においてその固有のフォーマットを用いた。後者の場合におけるこのような多様性フォーマットを取り扱うために,著者らは,各集団遺伝学解析ツールによって必要な情報の多様性を考慮に入れた,PopXMLと呼ばれる新しいXMLフォーマットを開発した。さらに,獲得した知識は,DNAフィンガープリントゲル画像を分析するためのツール われわれは自動化目標に到達するGelJシステムのパイプラインに適用した。【結果】,GelJ系における,ゲルバンドパターンから,生成する集団遺伝学解析と系統樹のためのツールの入力自動パイプラインを実装した。このようなパイプラインは,千バンドパターンから,生成29集団遺伝学解析ツールの入力と系統樹を管理するための32ツールに成功した。【結論】GelJは優性マーカー,系統発生再構成,木編集ソフトウェアによってゲル画像処理ソフトウェアと集団遺伝学解析間のギャップを埋めることを最初のツールとなっている。GelJで処理したゲルバンドパターンから後者ソフトウェアの入力を生成するプロセスを自動化によって達成された。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 系統発生 ,  系統樹 ,  再構成 ,  ゲル ,  *インタオペラビリティ ,  DNAフィンガープリント法 ,  編集 ,  画像 ,  触媒 ,  データフォーマット ,  ソフトウェア ,  自動化 ,  *集団遺伝
準シソーラス用語： 解析ツール ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 相互運用性 ,  GelJ ,  優性マーカー ,  集団遺伝学 ,  系統発生ツリー ,  PopXML

分類 (2件)： 医用画像処理  (JE04020T) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (9件)： 相互運用性 ,  拡張 ,  優性 ,  マーカー ,  集団遺伝学 ,  解析 ,  バイオインフォマティックス ,  資源 ,  ギャップ