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J-GLOBAL ID：201702274343819077   整理番号：17A1422318

カドミウムと銅に曝露された初期生活段階のニジマスにおける遺伝子発現の正規化のための最適参照遺伝子の発現安定性と選択【Powered by NICT】

Expression stability and selection of optimal reference genes for gene expression normalization in early life stage rainbow trout exposed to cadmium and copper

著者 (7件)： Shekh Kamran (Toxicology Centre, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5B3, Canada) ,  Shekh Kamran (Toxicology Graduate Program, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5B3, Canada) ,  Tang Song (National Institute of Environmental Health, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, 100021, China) ,  Niyogi Som (Toxicology Centre, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5B3, Canada) ,  Niyogi Som (Department of Biology, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5E2, Canada) ,  Hecker Markus (Toxicology Centre, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5B3, Canada) ,  Hecker Markus (School of Environment and Sustainability, University of Saskatchewan, Saskatoon, SK, S7N 5C8, Canada)
資料名： Aquatic Toxicology  (Aquatic Toxicology)
巻： 190  ページ： 217-227  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0823B  ISSN： 0166-445X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子発現解析は,汚染物質が生物と相互作用する特異的な機構を特性化するための強力なアプローチである。導電性遺伝子発現は定量的リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)を用いて解析した際の主要な考慮点の一つは,適切な参照遺伝子の選択,しばしば見落とされている。特に,相対的定量化手法を用いた場合に意味のある結論に到達するためには,参照遺伝子の発現レベルは高度に安定でなければならないと実験条件の関数として変化することができない。しかし,今日まで,発生段階,組織間および金属などの汚染物質への曝露後の一般的に使用される参照遺伝子の安定性に関する情報は硬骨魚類を含む多くの脊椎動物種において欠如している。それ故,本研究では,qPCRを用いて二種の金属,カドミウム(Cd),銅(Cu)への急性曝露(24時間)後のニジマスの三つの異なる初期ライフステージの鰓と皮膚における8参照遺伝子候補の発現安定性を評価した。候補ハウスキーピング遺伝子のβアクチン(バクチン),DNA依存性RNAポリメラーゼIIサブユニットI(DRP2),伸長因子-1アルファ(EF1a),グリセルアルデヒド3-りん酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH),グルコース-6-りん酸デヒドロゲナーゼ(G6PD),ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(H PRT),リボソーム蛋白質L8(RPL8),及び18SリボソームRNA(18S)。四つのアルゴリズム,geNorm,NormFinder,BestKeeper,比較ΔCt法は,対照及び曝露条件下及び三つの異なるライフステージを横切るこれらの候補遺伝子の発現安定性を系統的に評価した。最後に,遺伝子の安定性を種々の方法で確立されたランクの幾何平均を用いてランク付けした。参照遺伝子の安定性は以下の順序でランク付けした(より高い安定性に低下から):魚の鰓におけるH PRT<GAPDH<EF1a<G6PD<RPL8<DRP2<バクチンCd;魚の鰓におけるバクチン<GAPDH<G6PD<DRP2<RPL8<H PRT<EF1a Cu;魚の皮膚におけるRPL8<H PRT<GAPDH<G6PD<EF1a<DRP2<バクチンCd;EF1a<GAPDH<RPL8<H PRT<G6PD<バクチン<DRP2Cuに曝露した魚の皮膚。結果は参照遺伝子の安定性は,問題の金属,ライフステージおよび/または器官に依存することを示した。,遺伝子発現の相対的定量化のための参照遺伝子の選択前のこれらの因子に注意すべきである。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *ニジマス ,  rRNA ,  サブユニット ,  *遺伝子発現 ,  アルゴリズム ,  汚染物質 ,  *カドミウム ,  DNA【核酸】 ,  定量的PCR法 ,  相互作用 ,  *銅 ,  リボソームタンパク質 ,  *遺伝子 ,  グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ
準シソーラス用語： *参照遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 参照遺伝子 ,  リアルタイムPCR ,  ニジマス ,  カドミウム ,  銅 ,  ライフステージ ,  遺伝子発現

分類 (1件)： 動物に対する影響  (EE05040R)

タイトルに関連する用語 (12件)： カドミウム ,  銅 ,  曝露 ,  初期 ,  生活 ,  段階 ,  ニジマス ,  遺伝子発現 ,  正規化 ,  参照遺伝子 ,  発現 ,  安定性