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J-GLOBAL ID：201702274793883138   整理番号：17A1233895

モデルおよび非モデル植物における低分子RNAの自動分析のためのmiRPursuit aパイプライン【Powered by NICT】

miRPursuit-a pipeline for automated analyses of small RNAs in model and nonmodel plants

著者 (11件)： Chaves Ines (Instituto de Biologia Experimental e Tecnologica (iBET), Oeiras, Portugal) ,  Chaves Ines (Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica Antonio Xavier, Universidade Nova de Lisboa (ITQB NOVA), Oeiras, Portugal) ,  Costa Bruno Vasques (Instituto de Biologia Experimental e Tecnologica (iBET), Oeiras, Portugal) ,  Costa Bruno Vasques (Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica Antonio Xavier, Universidade Nova de Lisboa (ITQB NOVA), Oeiras, Portugal) ,  Rodrigues Andreia S. (Instituto de Biologia Experimental e Tecnologica (iBET), Oeiras, Portugal) ,  Rodrigues Andreia S. (Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica Antonio Xavier, Universidade Nova de Lisboa (ITQB NOVA), Oeiras, Portugal) ,  Bohn Andreas (Instituto de Biologia Experimental e Tecnologica (iBET), Oeiras, Portugal) ,  Bohn Andreas (Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica Antonio Xavier, Universidade Nova de Lisboa (ITQB NOVA), Oeiras, Portugal) ,  Miguel Celia M. (Instituto de Biologia Experimental e Tecnologica (iBET), Oeiras, Portugal) ,  Miguel Celia M. (Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica Antonio Xavier, Universidade Nova de Lisboa (ITQB NOVA), Oeiras, Portugal) ,  Miguel Celia M. (Biosystems & Integrative Sciences Institute, Faculdade de Ciencias, Universidade de Lisboa (FCUL), Lisboa, Portugal)
資料名： FEBS Letters  (FEBS Letters)
巻： 591  号： 15  ページ： 2261-2268  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0575A  ISSN： 0014-5793  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： miRPursuitはモデルと非モデル植物における高スループットな小RNA(sRNA)配列データのエンドツーエンド解析を実行するため開発し,生データから同定し,アノテートされた保存された新規配列へのパイプラインである。シリーズUNIXシェルスクリプトの,オープンソースs RNA解析ソフトウェアを結ぶから構成されている。含まれるパラメータは高度な計算スキルを持たないユーザによる簡便なワークフロー管理と組み合わせることができる。miRPursuitは他のツール,いくつかのsRNAライブラリーを並列処理の可能性を含むに比べていくつかの利点を示し,容易にsRNAライブラリー間のsRNA読み出し蓄積における差異の比較を可能にした。モデル植物からのデータセットを用いてmiRPursuitを検証し,非モデル種からs RNAの解析とその性能を論じた。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  並列処理 ,  エンドツーエンド方式 ,  *自動分析 ,  データ解析 ,  UNIX
準シソーラス用語： ワークフロー管理 ,  解析コード ,  オープンソース ,  生データ ,  ハイスループット ,  *低分子RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： マイクロRNA ,  NGSデータ解析 ,  小非コードRNA ,  tasiRNA

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： モデル ,  モデル植物 ,  低分子RNA ,  自動分析 ,  パイプライン